苹果锈病的病菌多以菌丝体的形式在桧柏枝条上果冻，次年春形成冬包子角。之后冬孢子萌发所产生的大量小孢子感染苹果树的叶片、叶柄、果病和果实，从而形成病斑。之后循环往复的发生。但有一个特点就是，苹果锈病的发生必须有桧柏的存在才能完成。

1. 加强桧柏树的管理

彻底的铲除苹果园周围大约5km的桧柏树，同时禁止一切与桧柏有关系的种植栽培活动。要不就是建园避免有桧柏大量出现的地方。但在砍除果园周围的桧柏时，一定要检查菌瘿、胶花是否出现，如果出现，及时清除，集中销毁，防治来年冬孢子角萌发。

2. 药剂治疗

对于周围有桧柏树，每年发病比较严重的果园，从苹果展叶期开始，每隔10-15天喷施一次*菌剂，连续喷施2-3次，一次保护叶片不受锈病菌的侵染。*菌剂可使用15%粉锈宁可湿粉剂1000倍液，或者是50%甲基硫菌灵可湿粉600-800倍液，同时也可使用65%代森锌可湿性粉剂500液。