EVA的人类补全计划在这样的背景下展开，无论是每天将大部分时间花在用随身听听歌、对他人的反应格外敏感的碇真嗣，以人造人出现对战斗作为天职感到迷茫，对自身的存在感到漂浮不定的绫波丽，还是把战斗作为自我价值，骄傲跋扈却极度渴望别人认可的明日香。他们无一例外的成为这个世界的零余者，他们的孤独是这个世界病态与扭曲的起因。因为共同体生活的缺乏，个体失去了人之为人的“实在性”。这种“邻人之爱”的缺乏，使得这个罪感的世界不得不面对使徒们的一次又一次冲击。尽管碇真嗣与明日香两个人在日常生活中不断地争吵，但是他们都知道他们生活中必须的“氧气”，建立在这种生活之上。然而EVA中的每个人都距离这种日常生活中的幸福一步之遥时，纷纷停下来脚步。原因正在于世俗生活带给每个人的是越来越频繁地凝视自我，以及碎片化的感受。而这种精神病症的解决之道，是seele不懈追求的人类补完计划。人类补全计划如果按照死海文书执行计划，的最终图景是人类最终得以互相理解，人类之间新的壁垒与肉体一起消失，彼此如同橘红色的海洋一般交融在一起流向人类始祖莉莉丝的母体之中。

人类补完计划的原型早已有之，我们可以追溯到古希腊时代俄耳甫斯教教义、16世纪神秘主义者雅可布·波墨、歌德的《浮士德》乃至于黑格尔的绝对精神与荷尔德林的诗歌。在20世纪饱经意识形态酿成的战争与恐怖的思想史学者沃格林则不无武断地宣称“所有的灵知运动都有着取消存在的基础及其超越性的起源的计划，并以内在化的世俗秩序取代之，这一秩序的完美性由人类行动之王国加以保证。”我们在历史与日常生活中耳熟能详的马克思主义、心理分析、法西斯主义都可以是灵知主义的范畴。这些意识形态虽然在声调上不同，本质上却是相似的，他们感到人类的渺小卑微，渴望为人性赋予更崇高的价值，他们否定现世与现存的一切政治秩序，对彼岸的世界涌动着一股股崇高的生命冲动。灵知主义如同虚空幻象一般不断诱惑着人类向着神进化。这种神话则诱惑人类不断重返历史，重演一幕幕熟悉的悲剧。

庵野秀明在剧场版《真心为你》中为碇真嗣创造了面对人类补全计划能否进行的抉择。孤独的碇真嗣在面对一个伤害他、隔离他的世界之后，依旧选择了停止补全。他不接受人类个性的消失、不接受非人的诡异力量以如何宏大的借口对个体生命与情感的吞没、不接受灵知主义的异乡神代替人类自身选择命运。在人类绝对的理性与自由面前，他选择了拒绝。

在他的眼中，虽然此世充满了伤害与破碎，虽然人性始终不完满，但是一个被许诺的乌托邦世界却更为死板与恐怖。神话学者布鲁门伯格把这种构建神话，许诺人类进步与成神的冲动称之为“实在专制主义”，如果我们需要一个更为确切与真实的例子那就是陀思妥耶夫斯基笔下那些满口许诺人类自由与幸福的虚无主义革命家，他们化身“半神”，用不可侵犯的历史理性取代了与人类共同受难的耶稣，在*戮与阴谋中毁灭自己与世界。而在EVA中seele与碇真嗣的父亲碇源堂扮演着同样的角色——他们从不爱生活在彼此身边的具体的个体，却迷醉于为人类寻求拯救。