外蒙古虽在清入关前已建立了“九白”的常贡关系，但入关后一度受噶尔丹的*扰，直到康熙平定噶尔丹之后才恢复并确定外蒙各部的牧地。清封各部首领为汗和王、贝勒、台吉等，如内蒙一样建立盟旗制度。其各部所组合的盟旗是：喀尔喀四部及附额鲁特、辉特部四盟、八十六旗；杜尔伯特部及附辉特部二盟、十六旗；新土尔扈特一盟、三旗。此外札哈沁、明阿特、乌梁海部等，虽也有旗之设，却不属于外蒙古各盟。清朝对外蒙古盟旗的管辖，中央有理藩院的典属、柔远清吏司等机构，地方上有驻防将军或大臣等。其中定边左副将军（或称乌里雅苏台将军）为当地最高统治者，下设乌里雅苏台参赞大臣二人，一人由蒙古王公担任，与将军共同管辖喀尔喀诸部盟旗。科布多参赞大臣及帮办大臣管辖杜尔伯特、辉特、新土尔扈特等盟旗及札哈沁、阿明特、乌梁海等旗。库伦办事大臣掌中俄交涉事务，其属恰克图办事司员一人，负责监督中俄贸易。

青海蒙古的盟旗制

清代的青海主要为蒙古额鲁特部居牧之地，共分五部、二十九旗。即：和硕特部二十一旗、绰罗斯部二旗、辉特部一旗、土尔扈特部四旗、喀尔喀部一旗。还有察罕诺门汗部自编一旗。每旗各设旗长，掌治一旗，属官之设如内蒙古。旗之上，青海各部与察罕诺门汗部一旗共会一盟，但是不设盟长，而以清朝驻西宁办事大臣莅盟统辖之。道光三年（1823）又分河北二十四旗为左右翼，每翼设正、副盟长各一人。

新疆的盟旗制和伯克制

新疆在清末建省之前，曾就额鲁特旧土尔扈特部与和硕特部的实况，如内蒙设盟旗制。即：旧土尔扈特部为盟四，和硕特部为盟一。盟下为旗。每盟设正、副盟长各一人，旗设旗长（札萨克）一人，掌盟、旗政令。但是盟长由清朝政府任命，旗长则基本是世袭。此外新疆大部分地区为维吾尔族居住，清代称为“回部”。哈密、吐鲁番率先归服，曾设旗，部长被授札萨克。自康熙至乾隆平定回部诸乱之后，在这些地区不设札萨克，而实行伯克制。伯克原来是回部的酋长，经清朝重新任命，按职责和品级称某某伯克，共三十余名目。最高的为阿奇木伯克，掌综回务，三品至六品，其次为伊什罕伯克，掌赞理回务。四品至六品。其余分掌地亩、田粮、税务的，大抵四品至七品。在清朝所封的札萨克郡王和诸伯克之上，清朝还派驻了伊犁将军，掌天山南北最高军政大权，下设参赞大臣一人辅之。又设塔尔巴哈台参赞大臣，喀什噶尔参赞大臣及帮办大臣，叶尔羌办事大臣及帮办大臣，和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔办事大臣等，以及乌鲁木齐都统、副都统，分管所在回城事务。