2013年，1月份与黄小蕾主演《铁血独立营》饰演江雪原。5月份和秦海璐参演林建华执导的都市情感大戏《幸福稍后再播》饰演傅中。与张翰合作主演张东东执导的《独立连》饰演鲁智森。2014年9月，主演了讲述武松传人女猪倌武喜春成为抗日女游击英雄的《游击英雄》，饰演中共巴山游击队队长朱山坡 。同年与宁静主演抗战传奇大剧《地雷英雄传》，饰演赵震天一角。2015年8月18日，民国传奇史诗情感大戏《家国恩仇记》开机，王新军和李彩桦分别担纲男一和女二。他演绎的军人、警察形象，把一个普通中国军人在战争时期的精神世界，细致入微地刻画恰到好处，被观众和媒体称之为“军人专业户”。

王新军拥有两次婚姻。1996年夏刚从北京电影学院毕业，就应邀饰演电影《鲁氏兄弟》的男主角曾新国，由此认识了唐静。之前，王新军演出经验并不多，这是他第一次在影片中担任男主角，一开始心里没底，到剧组后很少说话，显得很羞涩。唐静天生温柔善良，乐于助人。她主动找王新军，帮他捋台词，让他尽快放松下来，自然而然地融入剧情。唐静不知道，王新军第一眼见到她时就怦然心动了。一年多后，王新军和唐静又因拍戏走到了同一个剧组。转眼这部戏又拍完了，他心中的爱字仍没说出口。他觉得自己什么也不是，而唐静当时拍的戏挣的钱都比他多，她还获得过全国戏剧小品大赛一等奖、全军文艺会演奖等。他觉得自己和她差距太大了。后来在张光北的帮助下，他终于开口向唐静告白了，唐静比王新军大4岁，这让她犹豫不已，但是王新军说：“你现在年轻，漂亮，事业也不错，当然追求你的人很多，肯定不只有我一个人喜欢你，可能在所有喜欢你的这些人里边我的条件是最差的，你可以放弃我，但我请你记住，等你老了，什么都没有的时候，你还能想起来，有这么一个叫王新军的人爱过你，到时你只要打个电话，有什么需要帮助的，我一定会来到你的身边……”唐静被王新军的真诚彻底打动了，她不再犹豫，两人走到了一起。

与唐静好上后，王新军非常高兴。但两人马上又面临了另一难题，王新军自尊心强，特别爱面子。因为觉得自己不如唐静，每次去空政找她时，他都不愿进去，总在胡同口等她出来。此后，唐静利用自己拍戏比较多，朋友圈也比较大的便利，开始处处留意，帮王新军寻找机会。一个偶然的机会唐静得知了冯小刚导演正在苦寻《黄河绝恋》的主角人选，唐静赶忙把王新军介绍给冯导，冯导演一见王新军就乐了：“我最近一直在为寻找大块头的硬派小生犯愁，现在看来，就是你了。”《黄河绝恋》这部戏对王新军来说太及时了，他在戏中成功地扮演了黑子这一重要角色，并因此一举成名。此后，他开始片约不断，演艺事业蒸蒸日上。1999年的国庆，成名后的王新军和唐静踏上了婚姻的红地毯。

婚后的日子步入了正轨，还有了一位可爱的儿子。王新军一直告诫自己，要多拍戏，多挣钱，切实负起对唐静和家庭的责任。但刚开始时，他的收入仍比妻子少。为此王新军心里很不平衡，也特别急躁，由于脾气火爆，有时便会对唐静动气。这段婚姻最终在2009年画上句点。

王新军的第二任妻子是知名演员秦海璐，2012年11月6日，王新军、秦海璐坦承两人相恋属实。但是当时有不少观众和媒体猜测是秦海璐插足了王新军与唐静的婚姻才使两人离婚，随后王新军发表声明称“和秦海璐在拍摄《独立纵队》时并没有相恋，是直到2012年4月两人为该剧一起宣传时才擦出火花。”并表示与唐静2009年8月15日二人在友好的氛围下结束夫妻关系。“为了保护孩子，一直未向媒体公布离婚消息。请各方媒体不要过度关心和随意揣测，我们互相祝福对方在今后一切顺利，开始新的生活。”2014年1月23日，秦海璐和王新军结婚。7月10日，秦海璐与王新军在微博晒出结婚证书，宣布正式成为夫妻2015年1月28日王新军儿子出生，重9斤，母子平安。王新军表示将会补办婚礼