佛手瓜雌雄同株。雄花10~30朵生于8~30厘米长的总花梗上部成总状花序，花序轴稍粗壮，无毛，花梗长1~6毫米；花萼筒短，裂片展开，近无毛，长5~7毫米，宽1~1.5毫米；花冠辐状，宽12~17毫米，分裂到基部，裂片卵状披针形，5脉；雄蕊3，花丝合生，花药分离，药室折曲。雌花单生，花梗长1~1.5厘米；花冠与花萼同雄花；子房倒卵形，具5棱，有疏毛，1室，具1枚下垂生的胚珠，花柱长2~3毫米，柱头宽2毫米。

佛手瓜果实淡绿色，倒卵形，有稀疏短硬毛，长8~12厘米，径6~8厘米，上部有5条纵沟，具1枚种子。种子大型，长达10厘米，宽7厘米，卵形，压扁状。