西汉成帝鸿嘉末年（公元前18或前17年），末振将成为小昆弥，当时大昆弥雌栗靡很有威信，末振将担心自己地位不保，派人刺*雌栗靡。汉扶立雌栗靡的叔父伊秩靡为大昆弥，末振将被伊秩靡的部下所*后，汉马上派兵*死末振将太子番丘。末振将之弟卑爱建率领8万人投靠康居，经常发兵攻打乌孙，企图春并大、小昆弥的部众。最后被都护孙建领兵袭*。乌孙的国家实力在内战中大大损耗。东汉末年，鲜卑兴起，趁乌孙孱弱的时候多次袭击乌孙。乌孙人被追退入天山山脉中安居。

太延年间（公元5世纪）北魏王朝派置疏、高明等出使西域，受到乌孙、龟兹等诸国国王的迎候，双方友好交往关系不言自明。不久之后，乌孙国多次遭到柔然的侵袭，后来只好被迫西徙葱岭山中。

北魏以后，没有有关乌孙与中原政权联系的明确史料。北魏后期，高僧宋云、慧生西行取经，走遍葱岭及其以南，不见有乌孙国。60多年后，中国进入隋朝时期，隋炀帝准备经营西域，令大臣表矩向西域商人调查西域诸国情况，写成《西域图记》三卷，《隋书》卷八十三《西域传》根据《西域图记》写成，其中也不见乌孙国。从此，有关乌孙国的记载彻底消失。

然而，近代有学者认为乌孙是哈萨克族的族源。

就族名音韵相近和部落分布地区相同而言，两族有一定的联系。有哈萨克族的历史研究员指出，史料和出土文物证明了乌孙与同哈萨克族族源有关的诸多部族，如塞人（Saka）、匈奴、月氏、康居等，曾经进行长期的文化交流，因此“乌孙与哈萨克族的族源有着直接和紧密的渊源关系”。