福建省有17个国家级自然保护区。福建的森林覆盖率全国第一，福建自然保护区森林覆盖也极高，除了海洋相关的保护区，其他保护区的森林覆盖率基本都在90%以上，高森林覆盖率也带来了丰富的动植物资源。除了上述特点，每个保护区都有其独特之处，其中有热带雨林的虎伯寮和可以采蘑菇的汀江源是我最想去的。
- 梅花山——闽西天然林最集中的地区
- 深沪湾——在水底下，看不了
- 龙栖山——地层发育较全
- 虎伯寮——有热带雨林
- 梁野山——最完好的原始天然林
- 天宝岩——昆虫多
- 漳江口红树林——看海鸟
- 戴云山——黄山松和兰花
- 闽江源——鸳鸯湖看鸳鸯
- 君子峰——瀑布、温泉、古村
- 雄江黄楮林——温泉，离福州近
- 闽江河口湿地——多泥滩，看海鸟
- 茫荡山——离南平近，旅游成熟
- 汀江源——采蘑菇
- 峨嵋峰——有沼泽湿地
- 武夷山——不用说了
- 厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区——要看到动物比较难
位于福建西南部，是武夷山脉南段与博平岭之间的玳瑁山的主体部分，为上杭、连城、龙岩三县（市）交界地带，俗称“梅花十八洞”。梅花山地理位置相对隔离，历史上人为干扰破坏极少，因此森林大部呈原始状态，是福建为数不多的生态保护相对完整的区域，是闽西地区天然林最集中的地区。在福建看森林，梅花山是最好的目的地之一。
深沪湾海底古森林遗迹国家级自然保护区
保护区位于福建省晋江市深沪镇，以保护距今7500多年的海底古森林、距今9000—25000年历史的古牡蛎礁遗迹及周边海岸带典型地质地貌为主要内容的国家级海洋自然保护区，主要保护对象为海底古森林和牡蛎礁遗迹。由于东西都在海底，去了也看不到什么。
将乐龙栖山国家级自然保护区
保护区地处闽西北山区，属武夷山脉延伸的支脉，最高峰海拔1620.4米。保护区位于上扬子古陆东南滨浅海与浙闽古陆的边缘。区内地层发育较全，计有前震旦系、寒武系、奥陶系、志留系、泥盆系、石炭系、二迭系、三迭系、侏罗系、白垩系、第三系等 11个系的地层出露。对地质感兴趣的人，龙栖山是不错的目的地。
虎伯寮国家级自然保护区
