保护区位于泉州市德化县。其主要保护对象为东南沿海典型山地森林生态系统，重点保护对象是中国大陆东南沿海分布最南端、面积最大、保存最完好的原生性黄山松群落；重要的昆虫和植物模式标本产地；兰科植物资源以及丰富的生物多样性和濒危动植物物种。

保护区地处武夷山脉中段的建宁县东南部，主峰金铙山白石顶海拔1858米，是福建境内第一高峰。保护区属于武夷山脉中亚热带森林生态系统，是福建闽江正源头。区内有七大植被群落：南方红豆杉原生群落、钟萼木群落、雷公鹅耳枥群落、福建山樱花群落、深山含笑群落、香果树群落、浙江红山茶群落。在保护区内的鸳鸯湖，每年都有近300只鸳鸯在这里越冬。

保护区位于福建省三明市明溪县境内，武夷山脉中段东坡余脉，横跨明溪县。保护区的主要保护对象是大面积的保存完好低海拔中亚热带基带常绿阔叶林森林生态系统、大量的天然药用植物种质资源、名贵的材用植物种质资源、珍稀的濒危物种与丰富的野生动植物资源。福建君子峰国家级自然保护区自然景观优美，紫云仙境、紫云古村、龙井瀑布、百丈际五级瀑布和沙溪梓口坊温泉。

保护区地处福建省闽清县的西部，保护区主要保护对象：以福建青冈林为代表中亚热带南缘基带常绿阔叶林森林生态系统、溪流类湿地生态系统、珍稀濒危野生动植物及栖息地、闽江水源涵养林。保护区自然风光秀丽，有温泉，在青山绿水之间泡温泉，别有趣味。