有明三百年来，玄武湖就成一方禁地，百姓对它只能是可望而不可即了。不过湖中尚有湖民，也有园林，《儒林外史》中就有名士隐居于湖中的记载。在明朝时，因为府库扩建至梁洲，为防火患，就在挖了一条环形水渠将之与外界分隔，这就是今天的环洲。随着明朝灭亡，黄册府库也茫然无存了。明后期名臣朱之蕃刻印的《金陵四十景》以“平堤湖水”命名玄武湖，将之列为第十景。当时“洲上置库以貯图籍，禁不得游”，“惟长堤障水，一望荷芰灿烂，香风远来，夹堤高树，坐荫纵观，不能舍去”。想来此时隔岸遥观玄武湖，碧波青荷，摇曳生风，无奈不可即矣。

清代玄武湖再度繁盛，一是黄册府已荡然无存，再无禁忌；二是因为湖中的水产。当时玄武湖的荷叶供应全城使用，政府甚至颁布了荷叶专卖令，命令全市使用的荷叶只能使用玄武湖中所产。樱洲的樱桃、湖中的水产供应全城使用，城北台城一侧的长堤上依旧密植杨柳。清末名臣曾国藩第一次任两江总督时，又曾疏浚湖面，用湖泥筑堤，将环洲与玄武门联结起来，免除了游人乘船之累。此时，吟诵玄武湖的诗篇已逐渐将描写湖光山色作为主流，以往的兴衰废替的沧桑感渐渐淡了。

清初“金陵八家”之一的高岑绘成《金陵四十景》将后湖（玄武湖别称）列为第二十一景，雕板刻印，图文皆精。清代乾隆年间，金陵四十八景形成，“北湖烟柳”被列为第十四景，清末徐上添所编的《金陵四十八景》中称此处“春秋佳日，月夕花晨，或棹扁舟，或短极沼堤，眺望有步步引人入胜之妙”。民国时玄武湖被辟为“五洲公园”，当时公园喻意一日之内可遍历地球五洲，气魄非凡，而民国时徐寿卿所编的同名书作中称此处与西湖相比“有过之无不及”。

玄武湖的大小的确与西湖不相上下，但其影响与知名度与西湖相较则相去甚远。究其原因，玄武湖自六朝之后，虽也不时有名士文人光顾，但大多表现得的历史沧桑之叹，对于湖本身却较少涉猎。在北宋消失二百年后，就渐渐被人遗忘了。有明一代，玄武湖更是成为禁地，令游人难以亲近。入清后，虽然渐渐被人熟知，可却再无有影响的文人吟咏，因此当年的历史遗迹就湮灭无闻，不似西湖那般动人。其实，玄武湖自身的历史，内涵的文化同样不输于西湖，只是需要我们发现而已。