甜荞主要病害有立枯病、轮纹病、褐斑病和白粉病。在苗期出现病害后，可采用65%代森锌500倍液或20%三唑酮1000倍液喷雾防治。主要虫害有养麦钩刺蛾和草地螟。每年这两种虫害都有发生，使荞麦常年减产10%-20%，严重年份减产40%，个别田块甚至颗粒无收。荞麦钩刺蛾，它以幼虫危害荞麦叶片花穗、嫩果和子粒，昼伏夜出取食危害。一般是早播重，晚播轻；半山阳坡重，高山阴坡轻；茂密田重，稀疏田轻。防治方法，在荞麦开花期和结实期亩用2.5%溴氰菊酯乳油30毫升，加水60千克喷雾或用40%乐果1500倍液90%晶体敌百虫1500倍液，间隔7-10天，连续喷2次，傍晚喷药效果更好。

甜荞花期长，子粒成熟不一致，同时子粒易落。因此，田间大部分植株已有2/3的果实变为褐色时，即为甜荞的适时收获期。如遇霜害、大风来临前，应立即收获，以免因植株枯死或风吹，而导致子粒严重脱落。收获时，要轻割轻放，尽量减少倒运次数，减少子粒脱落，确保颗粒归仓。