EVA的故事主要分为三部分，碇真嗣一行人打使徒的明线，老碇和SEELE较劲的暗线，以及穿插在两条线之间的“人类补完计划”。故事背景都隐藏在支离玻碎的对白中，这里挑出来总结一下：

46亿年前——一颗陨石带着白之月中的亚当、朗枪、死海文书坠落在了地球南极。

40亿年前——一颗陨石与地球碰撞，黑之月载着莉莉丝坠落到了地球。坠落的位置为日本箱根，莉莉丝本体留在了地下的大坑中。碰撞产生的碎片被地球引力束缚变成月亮。莉莉丝创造了LCL之海，人类从中诞生。史称“第一次冲击”。（贞本义行漫画版）

中世纪——一个宗教组织暗中兴起，直到20世纪发展壮大，这个组织为SEELE的前身，掌握了死海文书，后成为人类补完计划的主导者。

1999年——碇源渡、碇唯、冬月耕造的大学时期。源渡和唯交往初期还保留着自己的旧姓“六分仪”。老碇开始时对唯并没有感情，只是想通过她接近SEELE。

2000年——人类对亚当的接触实验导致“第二次冲击”，地轴偏转，海平面上升，地球人口锐减一半，日本处在了永远的夏季。葛城美里的父亲也在冲击中遇难。光之巨人，也就是亚当被炸回了胚胎形态，被SEELE带走，几年之后又被加持良治偷出来顺便在护送二号机的时候带给了老碇。（另有，渚薰是当日诞生的说法）

2001年——多数驾驶员出生，绫波丽“制造”时间不明。（生日与角色声优一致）

2002年——老碇、冬月带着美里来回到了南极，此行目的主要是调查事件真相。但联合国向大众公布了虚假消息，真正的情况只有SEELE相关者知道。

2003年——联合国设立“人工进化研究所”，位置就在日本箱根那个莉莉丝的大坑里面。开始正式为“人类补完”计划做准备。

2004年——碇唯在进行身体直接接触EVA核心的启动实验中，因为距离核心太近，同步率超过1000%，被核心吸收。碇真嗣目睹了之一惨剧，留下了心理阴影。（不过她的死并没有白费，之后驾驶舱采用了更为保险的插入栓设计)

2010年——MAGI系统全部开发完成，人工进化研究所组建为NERV并在全球设了八个支部。律子她妈*掐死1号绫波丽之后自*。

2015年——使徒袭来。紧接着是TV版的故事了，按照水天使、昼天使、雷天使、鱼天使、音乐天使、胎天使、雨天使、空天使、恐怖天使、夜天使、霰天使、力天使、鸟天使、子宫天使、自由天使，的顺序逐个击败使徒。比较值得注意的几次分别是，霰天使控制了三号机，驾驶员为铃原东治，被初号机手撕；初号机通过吞噬力天使获得了S2机关；二号绫波丽与子宫天使同归于尽；自由天使渚薰主动选择死亡后，补完计划的准备也基本完成，约定之日即将到来。