明朝的马政机构虽然很完善，但因为“人祸”导致养马事务被层层剥榨。而上层部门又缺乏有效管理，当时负责全明朝数百个养马场事务的是明朝南北太仆寺，下设省机构四个行太仆寺，其组织鼓励明朝百姓积极养马，还从满族马市、女真部落引进大批草原牧马、野马、跟不同品种的壮马，所以总数量从明朝初期的50000匹发展到后来的300000匹马。
然而大部分马是来自官员对百姓的强迫饲养而成，文献有记载：“江南十户、江北五户合养马一匹”，此乃因为江南向来是鱼米之乡，人口居住密度大，很多土地都开荒成为稻田，所以缺少放养的天然地域，故此江南百姓只能饲养马匹来交差。
根据《农政全书·农事》记录，明朝时“江南寸土无闲，一牧一羊，一圈一豕，喂马牛之家，鬻刍以饲也”，就算如此在官员的律令下，百姓还是不得不养马匹，饲养始终比不上放养的好，故此也拖地了马匹的质量。
但从数量上看，明朝马政应该不会发生缺马的事情，就算是病死的马也比较少，因为当时的兽医技术已经发展的很完善，如知名兽医书籍《《元亨疗马集》》正是出自明朝人喻本元跟喻本亨之手，足见明朝马匹的健康有着一定的保障。
官员的腐败跟欺压百姓养马是导致明朝马政倒退的主要原因之一，由于明朝后期缺少优质战马当战斗工具，导致骑兵优势比不上塞外的游牧部族。
特别是居住在东北地域的少数民族女真，他们历代都在马背上讨生活，小孩从小就骑马到大，无论是骑射、骑砍、骑戳等本领都深得先辈们传授经验。而女真拥有天然的良好放养环境，他们养起马来比明朝人容易，而且大部分是纯天然放养，马儿吃得好跑得奔放没有什么束缚，自然成长出来的体格就很强壮。后来，满族人强盛崛起，战马供给更是绰绰有余，在他们那边随处可见成群的骏马在驰聘。
满族首领努尔哈赤很注重马匹的质量，经常没事就带人巡查军队的战马状况，发现麾下的马匹健壮者就赏赐美酒，若看到弱马就下令把养马人推出去赐鞭，和明朝官员的做法一对比，高下立判。
正是这努尔哈赤种严格的态度，使得满族人的战马越来越精良，而明朝此时的马政刚好又出现了衰退迹象，等到明清战争爆发后，满族人骑着强壮的战马成群结队的来回冲*。而明朝由于缺乏战马，只能以步兵为主，这样一来就输在机动性跟正面硬刚之下，很多时候明军在高大凶猛的满族铁骑面前，都只能转攻为守，而一队队满人骑兵却能够轻易冲入明军当中把阵型扰乱，接着一顿厮*，再骑马而去，此时愤怒的明军虽然想反击，但两条腿始终追上四条腿的，最终明朝军队步步为营，接连的惨败，直到清兵攻入南京为止。
