南京工学院在教育部是属于高校里面改名为大学最晚的一批。主要原因就卡在南京工学院上报要求改为“东南大学”上面，因为教育部对恢复历史老校名有顾虑。南京工学院也希望向综合性大学发展，不希望受到“理工”、“工业”等字样的限制。而且南京工学院和南京医学院1988年初已经商定合并，所以叫“理工大学”“工业大学”并不合适。综合考虑下来，可用的校名只有东南大学能兼顾历史传统和地理方位，并且符合综合大学的未来期许。

不仅仅是在乎“中央”这两个字。因此当南工和南大合并告吹之后，南京工学院决定独自走综合大学的发展之路的时候，得到很多东大和中大老校友的全力支持。

南京为“东南文枢”，自古有云“天下财富出于东南，而金陵为其会”。在古代中国的经济坐标中，江南地区为东南方向要冲，再往南并未充分开发，南京是江南地区的政治、教育、文化中心。所以南京工学院改名为东南大学有着充分的文化根基及历史底蕴。

南京工业大学有句名言叫“北清华，南工大”，其实这句话是有的，只是这里的南工大不是南京工业大学而是南京工学院。

上世纪80年代之后一直延续到今天，许多大学都积极的投身到更改校名的浪潮之中。南京工学院就是最早一批成功更改校名的高校。

1988年，南京工学院正式更名为东南大学。而之所以将校名改为东南大学，则是由于原国立中央大学在历史办学过程中曾经使用过国立东南大学这一校名。从这点上讲，南京工学院之所以改名为东南大学，就是为了证明自己是原国立中央大学的衣钵传人。

南京工学院之所以更改为东南大学，一方面是为了将自己的办学规模做大做强，为自己在新一轮的国家重点建设方面争取更多的支持和经费。毕竟南京工学院在更名为东南大学之后，更是在2000年合并了南京铁道医学院、南京地质学校和南京交通高等专科学校。并且于2001年成功入选了“985工程”重点建设院校名单。