至此,洪秀全更进一步发挥，称其妻为“太阴”,称太平天国“天兵天将”为星宿降世，称自己就是圣经中耶路撒冷王麦基洗德，又以为圣经中的许多文字和故事都预示了他本人的事业。杨秀清死后，唯洪秀全本人在梦中频繁地获得天父指示。上帝教愈益陷于妄诞的怪想和迷信，愈益缺乏社会内容。太平天国后期，洪秀全独掌政治、宗教大权,但他沉溺于宗教,忽视实际政务。最后，太平天国灭亡，上帝教也随之消失。

太平天国农民运动失败诸多原因中,有一个被人们忽略的原因,那就是人才的极度缺乏。太平天国领导集团的人才构成不合理,缺乏真正的经邦济世之才,在政策上又不能够充分重视选拔利用人才。 太平天国以宗教立国,但关于它的完整定性却并不十分明确。以往我们或将其视为一场具有某些近代特征的传统农民运动,并认为它是中国传统农民运动的最高峰;或者将其定义为一场民族革命运动,以推翻清政府的腐朽统治为最终目的;又或认为它是一场宗教革命运动,以建立一个神权国家为理想,对中国传统文化进行了一番坚决地破坏。

太平天国前期，洪秀全只顾个人享受，将军政大权交于杨秀清一人打理。杨秀清拉帮结派、排斥异己，造成了北伐的失败，错失推翻满清统治的良机。太平天国后期，由于权力倾轧，洪秀全借韦昌辉之手除掉了杨秀清，进而依靠石达开*死韦昌辉，最后再排挤走了石达开，将天朝权力收归自己一人之手。洪秀全曾称“主是朕做，军师（实际上的宰相）也是朕做”。而他所器重的洪仁只不过一介不切实际的书生、洪仁发洪仁达兄弟则更是除了腐败什么也不会的白痴，而洪秀全本人的军事才能与杨秀清相比，也只是小巫见大巫。

太平天国的封建等级之森严，也是史所罕见。早在永安建制时就明确规定“贵贱宜分上下，制度必判尊严”，君臣上下之间称呼、服饰、舆马等方面都有严格规定，违者要受到严惩。官员朝见天王时必须下跪三呼万岁，见王爵则要下跪三呼千岁。天王出行乘六十四人抬大轿，东王乘四十八人抬大轿，甚至连基层小官两司马也乘四人抬轿。诸王出行有盛大的仪仗队，所有官民都必须回避或跪道旁高呼万岁或千岁，倘有继续步行者则斩无赦，一些高官也因此受到了严惩。