东晋十六国是中国政权更迭最频繁的一个时期，武将经常推翻自己的君主，自立为王。西晋灭亡之后，司马睿以南京为都城，在相对安全的南方建立了东晋王朝。东晋建立之初，立足江南抵御北方匈奴、鲜卑的进攻，但是刚刚建立起来的政权并不稳定，一方面要安抚本地百姓，休养生息，另一方面还要安顿好北方的南渡的这些士族，包括以前西晋的一些统治者，贵族等。

东晋建立之初，这些统治者还能够内部团结，但是到了后期，西晋贵族的奢靡之风逐渐盛行，生活安逸的这些贵族，都渐渐乐不思蜀了。到了东晋后期，土地兼并非常严重，农民的负担也很严重，为了对抗北方政权，不得不大肆征兵，同时也导致了农民起义，实际上东晋的统治名存实亡。

到了公元420年，掌握东晋实权的大将刘裕废晋帝自立，导致在之后170多年时间里，南方政权频繁更迭，先后经历了宋、齐、梁、陈四个朝代。这些王朝都把首都定在了南京，历史上把它们都统称为南朝。

刘裕灭掉东晋之后，建国号为宋，就是宋武帝，他在位的时候比较有作为，在位30多年，轻徭薄赋，让江南地区逐渐富裕起来，也是南朝国力最强盛的时候。然而到了陈朝，陈后主不思治理，境内的很多田园都荒废了，而且税负也越来越重，导致百姓流亡，而他却纵情享乐，最后陈朝在他这里灭亡了。

东晋统治南方的时候，北方也是混乱的状态，先后出现十几个少数民族政权，历史上称呼它们为十六国，此后，公元439—581年，大约与南朝同一时期，中国北方先后出现了少数民族建立的北魏、东魏、西魏、北齐、北周五个政权，历史上称为“北朝”。北朝与南朝长期对峙，合称“南北朝”。

十六国后期，鲜卑族的拓跋氏逐渐强大起来，他们原来生活在大兴安岭北面地区，在东汉末年南迁，逐渐形成了一支强大的军事力量。后来北魏的拓跋珪消灭了后燕，逐渐占领了中原，建都平成。最后北魏统一了黄河流域，形成了与南朝对峙的局面。

到了公元6世纪，北周武帝进行一系列改革，政治上加强中央集权，经济上，解放奴婢，严惩隐瞒田地的情况，同时打击那些官僚的大族，而且还强制那些僧尼还俗，让他们从事农业生产；军事上扩大兵源，灭北齐，统一了整个黄河流域。可是周武帝死后，政权又落入了外戚杨坚的手里。所以整个东晋十六国时期，政权频繁更迭。