总体而言，在三峡库区发展渔业确实可行。该水库本身就是一座“鱼库”，也是淡水渔业的种质基因库，野生鱼可作为亲本繁育，因此发展渔业有先天优势。

2008年，中科院的专家在《人民长江》上发表了专述文章，明确指出在三峡库区养鱼有利也有弊。好处是能充分利用广阔的水面和丰富的饵料，还有助于解决三峡的移民问题。但弊端也很明显：在库区养鱼将面临环境压力，水库富营养化的风险将增加。

早在2005年，水利部就开展了淡水质量评价，结果不容乐观：全国131个有养鱼活动的大型湖泊中，达到富营养化的湖泊就有67个，比例超过50%。

比如：南京玄武湖、云南滇池、合肥巢湖、武汉东湖都达到了高度的富营养化程度，蓝藻过度繁殖，埋下了巨大的生态隐患。为治理水华，国家投入的治理成本堪称天文数字，以滇池为例：截至目前，其治理成本已高达500多亿元，生态罚单不可谓不高。

滇池蓝藻爆发

三峡水库同样如此，网箱养鱼也可能酿成生态危机。一方面，三峡水库库容量大，水*换量多，但是下闸蓄水后，净化能力也随之降低；另一方面，三峡水库地跨20个县市区，分属湖北、重庆两省市，沿线人口多，环境压力大。如果大规模放置投饵式网箱，水库的水质将逐渐恶化，氮磷污染也将难以避免。

事实上，三峡水库确实经历过网箱养殖的热潮，巅峰数量发展到数万只，并且还引发了生态灾难。

环保部门在一次例行调查中发现，三峡水库有11条次级河流设置了网箱，水质明显变差，粪大肠杆菌最高超标了11倍。

2008年春季，重庆云阳的澎溪河因网箱养殖污染过重而出现了水华，藻膜和浮萍覆盖了40多公里的河段。在最严重的水域，浮萍的密度高达5kg/m³，水色变黑，水质发臭，引起了当地的高度重视。