方丈院东侧是清代皇帝的行宫院，院中幽静雅致、碧瓦朱栏、流泉淙淙、修竹丛生，颇有些江南园林的意境。院内有流杯亭一座，名猗轩亭。猗轩亭内用汉白玉石铺地，石面上刻有一条弯曲盘旋的的石槽。流杯亭是中国的特有建筑，是根据古代三月三“曲水流觞”的习俗而建造的。

流杯亭的北侧上方种有两丛金镶玉竹，是清康熙三十七年（1696）康熙皇帝御赐给潭柘寺的。金镶玉竹上方为乾隆宝座展室，供奉的是乾隆七年（1742）乾隆在潭柘寺拜佛进香的塑像，两侧墙壁挂有皇帝御临潭柘寺的盛况壁画。

中路最后为毗卢阁，毗卢阁的西侧是禅堂，东侧是千佛殿。禅堂内可以祈福，千佛殿内求的是姻缘。

毗卢阁前有一颗百事如意树，百事如意树是一颗柏树和一颗柿子树相伴并生，人们取其谐音称其为百事如意树。