有区别。
fatestaynight和06版动画存在一些不同之处。
fatestaynight是游戏、小说、动画等多个媒介形式的作品，如果仅比较动画，则06版动画是早期的版本，于2006年首播，而fatestaynight则是较新的版权，于2014年开始放送，因此两者在制作、配音、画风等方面存在许多差异，导致观感和角色设定等方面存在很大的区别。
此外，06版动画剧情略有删减，部分细节表现不够细致，故事和人物情感也较为简单，而fatestaynight则较为繁复，更好地还原了原作的故事情节和人物，所以两者的评价不同，观众可以依据自己的兴趣爱好选择。

存在区别。
因为fatestaynight和06版是两个不同的版本，前者是由Type-Moon公司制作的最新版，后者是日本早期推出的经典版本。
两个版本的画面风格、剧情设置、角色设定等都有明显差异。
fatestaynight在继承06版的基础上增加了更多的故事情节和深度，在技术上也有所提升。
此外，06版只是一个叙述的故事，没有过多的剧情发展和角色分化，故事情节相对简单；而fatestaynight在剧情发展、情节设计和角色塑造上更为丰富，故事呈现更加深入。
总结来说，fatestaynight和06版的区别在于故事深度和展现手法上。