工程变更单和工程签证单主要有以下不同：

1. 发起原因：工程变更单通常是由业主、设计单位或施工方基于设计优化、功能调整、规范标准变化等原因提出，对原工程设计图纸或施工方案进行修改；工程签证单则多是由于施工过程中出现了非施工方原因导致的额外工作、费用增加或工期延误等情况而提出。

2. 内容性质：工程变更单主要涉及工程设计、技术标准、施工工艺等方面的变更；工程签证单侧重于记录施工现场发生的实际情况，如工程量增减、材料代换、零星用工等。

3. 审批流程：工程变更单的审批流程相对较为严格，通常需要经过设计单位、业主、监理等多方的审核和批准；工程签证单的审批相对较灵活，一般由业主代表、监理工程师等确认。

4. 法律效力：工程变更单具有较强的法律效力，是对合同内容的正式修改；工程签证单则更多是对实际发生情况的确认和补充，作为结算和索赔的依据。

5. 时间顺序：工程变更单通常在施工前或施工过程中提出；工程签证单往往是在施工过程中或施工结束后，对已经发生的事项进行确认。

6. 费用影响：工程变更单可能会对工程造价产生较大的影响，需要重新核算和调整；工程签证单对费用的影响相对较小，但也可能会导致费用的增加。

综上所述，工程变更单和工程签证单在发起原因、内容性质、审批流程、法律效力、时间顺序和费用影响等方面存在差异，在工程项目管理中需要准确区分和合理运用。