K 桌面环境（KDE）版本 1.0。图片来源：Paul Brown / KDE
KDE 是 Linux 向前迈出的一大步。最终，Linux 有了一个真正的桌面，集成了应用程序和更多现代的桌面图标。KDE 的设计与 Windows 95 并无不同。屏幕底部有一个任务栏，它提供了相当于 Windows 95 的“开始”菜单以及一些应用程序的快捷键。KDE 还支持虚拟桌面，这些桌面被巧妙地标记为 “One”、“ Two”、“Three” 和 “Four”。正在运行的应用程序通过位于屏幕顶部单独的任务栏的按钮表示。
但并不是每个人都对 KDE 感到满意。为了将 GUI 从系统中抽象出来，KDE 使用了 Trolltech 的 Qt 工具套件库。不幸的是，Qt 并不是以自由软件的许可证进行分发的。Trolltech 允许 Qt 在自由软件应用程序中免费使用，但在商业或专有应用程序中要收取使用费。而且这种二分法与自由软件不符。这给 Linux 发行版带来了问题：它们应该包括 KDE 吗？还是默认使用 FVWM 这样老式但属于自由软件的图形用户界面？
面对这种情况，Miguel de Icaza 和 Federico Mena 于 1997 年开始开发新的 Linux 桌面上。这个新项目被称为 GNOME，即 GNU 网络对象模型环境(GNU Network Object Model Environment)的缩写。GNOME 旨在成为一个完全自由的软件，并使用了一个不同的工具套件库 —— 来自 GIMP 图像编辑器的 GTK。GTK 从字面上的意思 GIMP 工具套件(GIMP Tool Kit)。当 GNOME 1.0 终于在 1999 年发布时，Linux 又多了一个现代化的桌面环境。
GNOME 1.0 版。图片来源：GNOME 文档项目
有两个 Linux 桌面环境固然很棒，但“KDE 与 GNOME”之争仍持续了一段时间。到了 1999 年，Trolltech 以新的公共许可证 Q 公共许可证(Q Public License)（QPL）重新发布了 Qt 库。但是，新许可证有其自身的包袱—-QPL 仅适用于 Qt 在开源软件项目中的使用，而不适用于商业项目。因此， 自由软件基金会(Free Software Foundation)（FSF）认为 QPL 与 GNU 通用公共许可证(GNU General Public License)（GNU GPL） 不兼容 。这个许可证问题一直持续到 2000 年 Trolltech 在 GNU GPL v2 下重新发布 Qt 库。
随着时间的发展Linux 桌面继续走向成熟。KDE 和 GNOME 进行了一场友好的竞争，促使双方都在增加了新的功能，还互相交流了思想和观念。到了 2004 年，GNOME 和 KDE 都取得了长足的进步，但只是给用户界面带来了渐进式的变化。
KDE 2 和 3 继续依赖屏幕底部的任务栏概念，但并入了用于运行应用程序的按钮。KDE 最明显的变化之一是添加了 Konqueror 浏览器，该浏览器首次出现在 KDE 2 中。
KDE 2.2.2（2001），显示了 Konqueror 浏览器。图片来源：Paul Brown / KDE
Fedora Core 2 上的 KDE 3.2.2（2004），显示了 Konqueror 文件管理器（使用 Fedora Core 2 主题）
GNOME 2 也使用了任务栏概念，但将任务栏一分为二：屏幕顶部的任务栏用于启动应用程序并响应桌面提示，屏幕底部的任务栏用于显示正在运行的应用程序。我把这两个任务栏称之为“你可以做的事情”（顶部）和“你正在做的事情”（底部）。除了精简的用户界面外，GNOME 还添加了由 Eazel 开发的更新过的文件管理器，名为 Nautilus。
