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噬菌体是哪里产生的(噬菌体是从哪里来的)

来源:原点资讯(www.yd166.com)时间:2023-10-31 07:05:22作者:YD166手机阅读>>

我们检查了类似于 Thrax1-5 噬菌体的已测序基因组的公共序列数据库。相关的培养噬菌体包括 Tsamsa、Nate、Chewbecca、Skywalker、MrDarsey 和 Sophrita 噬菌体。

从炭疽芽孢杆菌、PBC2 、pW2 、Izhevsk和从蜡状芽孢杆菌、 Diildio分离的 Kirov 噬菌体在B. thuringiensis上分离的噬菌体,在B. subtilis上分离的FADO 和 PJN02 噬菌体,以及在B. cohnii上分离的噬菌体 136 。

随后使用 IMG/VR 对来自宏基因组数据集的,未培养病毒基因组组装进行调查,确定了另外七个与上述培养的,噬菌体基因组相似的独特噬菌体基因组,我们将其称为 Tyro1-7 噬菌体。

这些噬菌体基因组主要是从墨西哥和美国的土壤,和植物相关微生物组分析中发现的

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用噬菌体样品进行分析

使用 VIRIDIC对这 26 种“Thrax 样”噬菌体进行的分析显示,根据核苷酸相似性分为 11 个属簇。

基因组间相似性范围从高达 94.9%,略低于种内边界(≥ 95%)到低至 15.7%,尽管所有“Thrax 样”噬菌体共享等效物基因组大小和非常相似的基因组结构。

聚类被发现独立于隔离的地理,相反,聚类显示出与宿主物种相关的趋势(即分别从中国和葡萄牙分离的枯草芽孢杆菌噬菌体 PJN02 和 FADO,形成一个属簇)。

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为了在系统发育上,对这组噬菌体进行定位和分类,我们使用了两种不同的病毒分类方法,即 vContact2 和 VICTOR。vContact2 ,是一种基于网络的策略。

可根据噬菌体基因组之间的,基因共享程度计算病毒簇。

对于此分析,除了上述 26 个 Thrax 样噬菌体基因组之外,我们还输入了截至 2022 年 4 月 GenBank 数据库中,存在的所有完整噬菌体基因组序列。

在由此产生的网络中,Thrax 样噬菌体紧密聚集在一起,靠近感染芽孢杆菌的其他培养噬菌体和相关属。

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提取代表类 Thrax 噬菌体和邻近噬菌体的节点,并使用边缘加权弹簧布局进行可视化,以更好地观察分组特征。

Thrax 样噬菌体与最近的噬菌体邻居,紧密聚集在一起,这些噬菌体被鉴定为Geobacillus噬菌体 E3 ,和Brevibacillus噬菌体 Sundance 等。

我们将这 26 种紧密聚集的 Thrax 样噬菌体命名为 Tyrovirus 组,该组因三种酪氨酸*酶的保守性而得名。

酪氨酸病毒分组为一个排他性 VC,该 VC 进一步定义为 16 个子 VC,其中最大的子 VC 包括 Tsamsa、Izhevsk、Diildio 和 Thrax4 噬菌体。

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