不过游戏的故事设定在原作小说后，并且地点也从日本转移到了美国纽约。主角阿雅·布蕾亚（Aya Brea）是纽约的一名女警官。一天在观看歌剧时，歌剧院发生了离奇的人体自燃事件。以此为契机，阿雅开始了整个事件的调查。游戏过程中，会遇到各种线粒体进化而产生的怪物。

老鼠变异这段CG当年带给我的冲击可不亚于《生化危机》初代的“回眸一笑”

在调查的过程中，阿雅发现自己有着特殊的体质，可以控制自身的线粒体避免自燃，并且还能激发出自身强大的力量。

线粒体力量就像常规RPG中的魔法，可以提供各种辅助、治疗和攻击能力

随着调查的深入，阿雅还发现整个事件和阿雅已死去的姐姐玛雅（Maya）有关。游戏以6天为故事线索，每一天是一个章节，逐渐揭开故事的谜底，并最终消灭了已经聚合的进化线粒体。

游戏采用的是固定视角3D背景，人物可以在场景中自由移动的表现形式，和SQUARE的招牌最终幻想系列登录PS以来的7代和8代是相同的。但战斗方式上却和最终幻想系列有那么些不同，并非传统的站桩回合制。

在战斗过程中，虽然也和最终幻想系列一样有着ATB计时槽，ATB槽积累满了才能攻击，但在积攒ATB槽的过程中，人物是可以在场景中随意移动的，而且这个移动是可以躲避掉一些敌人攻击的，这相比传统站桩回合制就更多了一些动作成分在里面。