刚好这个时候皇帝也押解着靳辅来到了黄河边，准备将其斩首，给天下人一个交代。然而皇帝却在微服私访的过程中与陈潢相遇，对陈潢提出的治水策略尤为看重，当即要把修河的事情交给陈潢办理。

靳辅的冤屈也被洗刷干净了，皇帝将治水的事情交给他们两人。通过几个月的实 地勘察，他们掌握大量的数据，设定了一系列之水策略，陈潢还为靳辅争取到了河道总管一职，而他自己却只是一个无官无职的小卒。

他利用前人潘季驯“束水攻沙”的方案迅速解决了沙害的问题，并且还是制定出测水速、流速的办法。经过9年时间建立了大大小小无数个减水坝，巩固了各个堤坝的决口，是治水上取得了暂时的胜利。

但是陈潢的性格太过耿直，不懂人情世故，从而得罪了很多人，权贵地主将他视为眼中钉，想将它出去。康熙27年，在治水上与于震甲意见不和，而忤逆皇帝，最后被江南道御史郭琇弹劾结党营私，被皇帝下令关进大牢，含恨而终。但是即便这样，他也没有丝毫后悔过，唯独惦记着未尽之事，希望后人能采取他治水的建议，将他的《河防述言》发扬开来。