第2个大结局：黑衣组织虽然最后被新一一网打尽了，但是由于新一中毒的时间太长，解药也无法对其产生作用，新一只能够顶着自己的小孩子的身体待在小兰的身边，直到自己重新长大。而小兰也一直在默默地等待着新一的归来。

第3个大结局：新一在最后与黑衣组织决战的时候，为了保护小兰不幸牺牲，事后恢复成大人模样的灰原哀将所有的事情都告知了小兰，自己也选择了离开日本过上了隐居的生活。而小兰在伤心了很久之后，也遇到了另外一位自己喜欢的人，从此过上了幸福快乐的生活。

第4个大结局：新一与灰原哀虽然侥幸恢复了本来的样子，但是黑衣组织却如同烟雾一样奇迹般的消失了，无奈的新一只好与灰原哀继续调查黑衣组织的去向，期望可以彻底解决这个组织的存在，两人在相处之中渐渐的对彼此有了很深厚的感情，于是他们就顺其自然的在一起了，而小兰也选择了放手。（这肯定是柯哀粉写的大结局）

第5个大结局：通过一系列的调查新一发现黑衣组织的幕后黑手竟然是自己身边的人，而且是他很信任的一位少年侦探团的成员，虽然他决心毁掉整个黑衣组织，但是柯南还是不忍去揭穿他的一切，于是他给了这个成员逃跑的机会，希望他能够重新做人。此后新一也因为服用了解药，回到了小兰的身边。