克里斯托弗·埃克斯顿（Christopher Eccleston）饰演的第九任博士

新版《神秘博士》的第一季尽管制作上在今天看差强人意，但总体上奠定了日后《神秘博士》剧集的基本格局。每季十三集，外加一部圣诞特别篇；每集一个单独成篇的科幻故事，同时由总编剧负责整季的故事主线；剧中由男性博士搭配女性伴侣，男女主角一起经历各种宇宙冒险。这一模式从拉塞尔·T·戴维斯担任总编剧的第一季开始，差不多一直延续到史蒂文·莫法特（Steven Moffat）担任总编剧的第十季。

新版《神秘博士》第一季海报，第九任博士和新版中的第一任女伴Rose Tyler

第十任博士

克里斯托弗·埃克斯顿只主演了新版《神秘博士》的第一季，BBC便决定换人。于是在第一季的结尾，博士重生，由英俊帅气、充满英伦风情的大卫·田纳特（David Tennant）出演第十任博士，由此掀起了新版《神秘博士》真正的收视热潮。大卫·田纳特主演了新版《神秘博士》的第二、第三、第四季，之后又主演了《死亡星球》（<Planet Of The Dead>）、《火星之水》（<The Waters Of Mars>）两个特别篇，最后在2009年圣诞特别篇《时之终结》（<The End Of Time>）中重生（这中间博士还利用过一次重生能量，但形象没变，也就是说主演还是大卫·田纳特）。

大卫·田纳特（David Tennant）饰演的第十任博士

大卫·田纳特主演的第十任博士被赋予了前所未有的深情。在第二季的第十三集季终集，达莱克斯和赛博人双双入侵地球，博士为了拯救地球打开了平行宇宙之门，从此和女伴Rose Tyler永远分隔。这一情节奠定了第十任博士这一人物之后几季的情感基调。在情感上，Rose Tyler非常像是博士的初恋。