第56集，电玩公司*人事件，组织成员龙舌兰前来交易天才程序设计师名单，却意外卷入他人事件被炸身亡。

第59至60集，福尔摩斯迷*人事件，服部平次知道了柯南真实身份，并成为了对抗组织的“强力助手”！

第135至140集，黑色组织10亿抢劫事件，宫野志保（组织代号雪莉）姐姐宫野明美被琴酒*死，宫野志保愤怒之下拒绝为组织工作，被囚禁，她服药自*，却没死，与新一一样变成了小孩子，寄住在阿笠博士家里，柯南也知道了她的事，宫野志保化名灰原哀。

第190集，与黑色组织再会，组织成员皮斯克要暗*日本一位议员，在此期间，灰原哀第一次恢复身体，但身处险境，被柯南救走，皮斯克由于暗*议员的证据被人发现，被琴酒灭口。

第235集，黑色组织的大BoSS乌丸莲耶被提及！

第245至246集，战斗游戏的陷阱，与黑色组织对抗的FBI（美国联邦调查局）重要人物朱蒂老师登场！

第249至250集，神秘乘客，FBI最牛特工“银色子弹”赤井秀一登场！

第227至278集，来自芝加哥的男人，FBI老大詹姆斯登场！

有些集数是非主线剧情掺杂着主线剧情的情报（伏笔）。可以去看看，不然有些地方看不懂。

第291至294集，第301集，第307至311集，第326集。

第332至336集，柯南查出了组织雇佣的电脑工程师，并与组织危险接触。

非主线掺主线，354集，360集，361集，364集，366集，370集，也为之后的柯南加FBIvs苦艾酒之战埋下伏笔。

第371至376集，柯南和FBI与黑色组织的苦艾酒大战！