13.第十三部 <漆黑的追踪者>

以东京为中心发生了6起连环*人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。“那辆车……难道是，琴酒的？”“黑衣组织”中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了。危机一触即发。如果让琴酒知道工藤新一还活着的话，不仅会危及新一，还有柯南身边的人。意识到事情危险性的柯南独自开始调查。

14.第十四部 <天空的遇难船>

针对以全世界珍贵宝石为目标的怪盗基德，燃烧着对决的执念的大富豪·铃木次郎吉发出了挑战书：有本事就来盗取世界上最大的飞艇铃木号中收藏的宝石“天空的贵妇”吧。时间限制为东京⇔大阪间的6个小时。被次郎吉招待的小五郎、小兰、柯南、少年侦探团的孩子们也乘上飞艇。以天空为舞台的头脑战就此揭幕。就在此时，神秘组织“红色暹罗猫”袭击了飞艇。

15.第十五部 <沉默的15分钟>

“针对你这4年傲慢无礼的执政期，在此施下天诛的警告！”12月某天，朝仓东都知事收到一封恐吓信。第二天，刚开通的都营地铁隧道被炸毁。不过，多亏了从小五郎那里得知恐吓信的柯南，才避免了惨剧。柯南等人到建好水坝的新潟县去。迎接搬迁5周年纪念仪式的北之泽村，很多人在一起围观。柯南刚开始调查，却在雪原上发现了死因不明的遗体。“悲剧”相互交错，如今灾难正向人们袭来。

16.第十六部 <第11个前锋>

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了。“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”若不能根据犯人寄来的挑战书解读神秘暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。而正当柯南与灰原哀和少年侦探团一起、沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中的时候，得知了威胁电话的事情，为了解读暗号柯南独自一人离开了球场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实。