毛利知晓灰原的身份

在贝克街的亡灵里，当看到灰原一副大人模样的时候，毛利不由得深吸了一口气，像是很怕灰原暴露身份的样子。但是当灰原装成小孩样子的时候，毛利这才松了一口气。由此可知，毛利极有可能已经知道了灰原的身份。那么他知道柯南的身份也就不足为奇了。

对待柯南的态度

糊涂侦探不糊涂，毛利的人生阅历和人情洞悉远超柯南，在有些案件中，柯南想不透的道理，毛利却深知，并且严谨的逻辑能力让柯南震惊。当柯南与毛利独处是，毛利总是用一副看透你的眼光审视柯南，好像在说我知道你小子想的是什么的感觉。有时毛利也会在柯南办案时给出一些不以为然的提示，这都是目前柯南的年龄所不能企及的。

柯南的隐藏能力

柯南的身份几近暴露，虽说并不能被别人认为是工藤新一。但是有时候柯南身上超脱年龄的冷静有时还是会让别人产生一些怀疑。比如，步美曾经说过：“我觉得柯南和灰原哀很像大人，和我们不一样。”而元太和光彦也说过：“柯南，你有时候会变得很像小孩。”甚至有时连小兰也会怀疑柯南的真实身份。当然，服部平次在见到柯南第二面的时候就已经识破了他的身份，不过这也是仅限于平次这样厉害的少年侦探。而面对一个连小朋友都能看出破绽的柯南，作为侦探的毛利又怎会不怀疑呢，更不要说毛利实则是一个推理能力极其强大的侦探了。

总结

在经历了这么多集的被麻醉后而不产生怀疑，甚至以为自己有第二人格的毛利，但是基于毛利小五郎的真实水平，我觉得很大程度上，毛利是已经知晓柯南的身份的。