第4部

柯南与少年侦探团，来到西多摩市临近完工的日本第一高的双子塔大厦。这是最先进的高科技建筑，而在建设过程中，有可疑人物暗中活动。其后，在大楼内发生了第一起*人案。在那附近，柯南目击到难以置信的东西。黑色的保时捷356A。并且灰原也开始与什么人秘密联系。

第5部

柯南等人闯入夏洛克·福尔摩斯活跃的100年前的伦敦。世界最先进的虚拟体感游戏“茧”操纵着50个人的生命。柯南和父亲工藤优作一同挑战人工智能“诺亚方舟”。

第6部

春天，樱花的季节。东京、大阪、京都的5名男子遭到*害。5人是屡次盗窃佛像、美术品的“盗贼团·源氏萤”的成员，相互以义经和他的随从的名字称呼。警视厅的目暮警部一行人、大阪府警大泷警部、京都府警绫小路警部开始联合调查。与此同时，小五郎接到某个寺院的委托，与柯南等人一同到达了京都。东、西名侦探柯南、平次，齐心协力化解挑战。

第7部

东京的最新景点。那里某栋大楼的屋顶上，与柯南对峙的是他的宿敌怪盗基德。柯南、小兰、小五郎和牧树里收到了怪盗基德的预告函。“Romeo……Juliet……Victor……Bravo!在这26个字母飞舞交错中，我将会前去拿取那颗命运的宝石。怪盗基德上。”以及一张将黑桃2纵向撕开的扑克牌的画。小五郎得知牧树里在舞台剧《约瑟芬》上使用蓝宝石戒指“命运的宝石”，做出了当晚基德会前来抢走宝石的推理。在柯南等人的注视下，舞台的幕布升起。