第16部

映着朝霞的海面上，漂浮着装有炸弹的神秘可疑船只。那艘船是一切的开端。京都舞鹤港海域。海上自卫队举行宝贵的宙斯盾舰航海体验。柯南、小兰、小五郎、少年侦探团一行人享受着用电子武装的高科技军舰施展的大震撼力。然而突然，响起轰鸣声，舰内空气流动不稳。不久，发现了没有左臂的遗体。那里，留下了一些疑点。着手调查的柯南，得知舰上乘上了某国的间谍“X”。这次航海中，隐藏着远超想象的足以颠覆整个日本的巨大阴谋。

第17部

以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。“从那么远的距离进行狙击，难道说……”柯南马上与女高中生侦探世良真纯乘坐摩托车追赶逃走的狙击手，意想不到的是狙击手居然连警察的巡逻车都打算一起炸掉，整个追踪过程都被其玩弄于股掌之中。结果，这场激烈的追踪将FBI（美国联邦调查局）也卷入其中，犯人以及狙击事件的谜团都消失在了大海里。于是柯南和世良协力，而警察和FBI合作调查此案，终于查出了美国海军特种部队“海豹突击队”的存在。其实这起狙击事件不过是接下来将发生的大混乱的第一步。与此同时，住在工藤新一家的神秘研究生冲矢昴也不动声色地秘密行动起来。

第18部

曾经在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》在聚集了大富豪的纽约拍卖会场中标。铃木次郎吉以3亿美元的史上最高金额得到了这幅名画，他的目的是收集散布在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大规模展会在以拥有铁壁般的安全系统著称的日本美术馆雷克洛克举办，这一梦幻般的新闻发布至全世界，柯南和小兰也关注了新闻转播。次郎吉打算召集通称为“七武士”的专家来保护《向日葵》，但此时怪盗基德突然现身，在发出宣战布告声称自己必定要夺取这幅名画之后便离去。在下一个瞬间，高中生侦探工藤新一的身影在*动的会场中现身了，他自称是由于听说了基德的传闻才前来的。而在数日之后，搭载着《向日葵》的客机飞行在前往日本的高空中时，再次遭到白色影子的袭击。围绕着独一无二的至宝，谎言与真实纷繁交错的艺术之谜开幕。

第19部

某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入。英国的MI6（军情六处）、德国的BND（德国联邦情报局）、美国的CIA（美国中央情报局）等各国情报机关，甚至FBI的机密数据都被窃取。千钧一发之际，安室透率领公安警察及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐，就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一的步枪子弹击中，从公路上坠下。第二天，柯南一行人到东都水族馆游玩。刚刚翻新的水族馆盛况空前。在其特色卖点巨大摩天轮之下，柯南发现了一名独自站在那里的外表端庄秀丽的受伤女子。定睛一看，她左右眼虹膜的颜色是不同的，即俗称的“双色瞳”。可是，女子已是连自己的名字也不记得的失忆状态，所带的手机也已损坏。柯南等人商定帮助她找回记忆，就这样与她一同行动。而这被贝尔摩德在暗中从头至尾监视着。随后贝尔摩德拿出了消音器，对着身上的通信器说道，“计划很顺利哦，琴酒。”