在信息技术行业的帝王托马斯·辛多拉的基础上，开发了人工智能程序“诺亚方舟”的10岁天才少年弘树离奇自*。2年后，辛多拉公司发表了使用了最新的虚拟现实技术的前所未有的游戏“茧”。这是可支配五感，体验如现实一般活动的虚拟体感游戏。柯南、小兰和少年侦探团一起，前往发布会。在那里也出现了与这部游戏开发有关系的新一父亲——优作的身影。然而在华丽的聚会开始之后，辛多拉手下“茧”的开发负责人——樫村被*害了。发现了樫村留下的信息的柯南，直觉感到优作负责的“茧”的舞台中隐藏着线索。少年侦探团和灰原、小兰、警视副总监的孙子诸星等人一起，挑战混合了“夏洛克·福尔摩斯”的世界与真实存在的*人狂魔开膛手杰克的案件的“旧时代伦敦”。可就在游戏开始的同时，“茧”被“诺亚方舟”控制了……

罗曼诺夫王朝的皇室秘宝－回忆彩蛋，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗基德寄出“犯案预告信”准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。在美术馆遇到了苏联大使馆的*、珠宝美术商、罗曼诺夫王朝研究家、职业摄影师等人。看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而基德窃听到彩蛋被转移了。在疏於防备的情况下，基德成功地找到了回忆彩蛋。虽然柯南已经发现了基德的行动，看还是晚了一步。基德在逃离途中，却被神秘的*手狙击，坠海失踪，生死不明。 柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美小姐，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大家，包括对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索 ，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被*，而且和基德相同是被击中右眼。目暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是职业*手史考兵。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑。到达东京后，大家前往城堡，阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜，与灰原哀 也一同出发至城堡，不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商乾被*。而其他人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。但专门狙击人右眼的神秘*手“史考兵”也在人群之中。他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺*失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目。柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，新一出现了。

目暮警官、小兰的母亲妃英理、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下*人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑。