船在水上一般使用介词 “on”，表示物体在表面之上，例如：The boat is on the water. （船在水上。）但是，在某些特定的情况下，也可以使用介词 “in” 来表示船在水里，例如：I am in the boat. （我在船里。）

1.

船在水里(指漂在水里),用on

2.

船在水里(指在水肚里),用in

There is a boat in the sea.小船在海里.（boat小,处在水中,用in.）
Look!A big ship is on the sea.瞧,海上有首大船.(ship大,处在水面上,用on.)

in the river 是在水中
on the river是在水面上

用in就说的是“河”，用on就说的是“水”。

类似的的用法：

in  the  street 指的是两边楼房之间的空间，而on  the street指的是街道这个平面。
船????：on the river是在水面上
鱼????：in the river 是在水中
要完全淹没才是in

又如：

The duck

swims in the river. 

The boat is on the river.