截至2019年8月，南通市通州区下辖4个街道、12个镇：金沙街道、金新街道、兴东街道、先锋街道；张芝山镇、五接镇、川姜镇、石港镇、西亭镇、二甲镇、东社镇、十总镇、刘桥镇、平潮镇、兴仁镇、三余镇。

其中三余镇位于江苏省南通市通州湾江海联动示范区，长江入海口北岸，东临黄海，南依长江，与上海隔江相望，素有“粮棉故里，江海乐土”之称，是苏中、苏南名镇之一，属江苏省重点中心镇、通东重镇，革命老区。

　通州目前分为四个板块：通州湾板块、金沙板块、南山湖板块、金沙湾新区