南京二手车上牌手续办理主要包括以下步骤：

1、准备文件。申请者需要准备购买二手车的相关文件，如市场合法登记证明、行驶证、保险凭证、车主有效证件（居民身份证或军官证）及代理人有效证件；

2、进行审核。将上述文件提交到当地的公安部门的道路交通管理部门进行审核。检查人员会对申请者的文件及信息真实性进行检查。如有不符合要求的情况，将立即婉拒或受到相应的处理;

3.申请注册。申请者需要填写《机动车登记申请表》并提供原副本。然后将《机动车登记申请表》及其余文件提交到相应部门;

4.办理特别手续。如果是异地上牌或海外回国上牌，申请者需要根据公安部门的正式告知去当地工商局及金融机构办理相应手续;

5.核发登记业务单。如一切准备就绪之后，就可向道路交通管理部门核发《机动车注册业务单》;

6.安装号牌并核录保存数据。