孔子的祖先是殷商王室的微子启。微子启与殷纣王是亲兄弟。纣王昏乱残暴,微子启劝谏失败后离开了他。商朝灭亡后,周成王把微子启安置在宋。这样,孔子的先世由王室之尊变为诸侯。从微子启四传至宋湣公,其长子叫弗父何,次子叫鲋祀。
宋湣公没有将君位传给儿子,而是传给弟弟炀公,鲋祀大为不满,把叔父炀公除掉了。鲋祀欲立其兄弗父何为君,弗父何拒不接受,鲋祀于是成为厉公,弗父何为卿。孔子的先世就这样又变为卿。
正考父是弗父何的曾孙,是宋国的戴公、武公、宣公的三朝上卿。他为人谦逊,受命时态度相当恭敬。正考父的儿子孔父嘉,是孔子的六世祖。孔父是其字,嘉是其名,他的后人把他的字做为姓氏。
在孔父嘉这一代,孔子的先世变故巨大。宋穆公时,孔父嘉位居大司马。孔父嘉是宋穆公、殇公两朝大司马,与其父同样地位显赫。孔父嘉的妻子非常美丽,鲁桓公元年(公元前711年),宋国的太宰华父督有一次在路上见到孔父嘉之妻,大为惊讶,惊叹世上还有如此美丽的女人,并开始日夜思念。第二年春天,华父督命人把孔父嘉*掉,到他家抢走其妻。孔父嘉的曾孙逃到鲁国避难,在鲁国做防大夫,所以叫孔防叔。孔氏奔鲁就失去了卿位。从此由贵族公卿降为士族,从此孔家衰落。
孔父嘉被*后,其子木金父在鲁国的陬邑落户,从此变为鲁国人。木金父以落难异国贵族子弟身份来到鲁国,自然不会很快引起鲁国政府的重视,所以他和他的儿子两代为平民。第三代人孔防叔在鲁国贵族臧孙氏家为家臣,出任防邑宰。防位于曲阜以东三十里,是臧孙氏的采邑,故人们都叫他防叔。防叔之孙叔梁纥任陬邑宰,陬邑宰是国家任命的正式地方官,比家臣的防邑宰荣耀。
叔梁纥就是孔子的父亲,后来叔梁纥任陬邑大夫,也是贵族中最低的一个阶层。
叔梁纥早年与鲁国的施氏成亲,共生育了九个女儿,没有儿子。后来娶的妾终于生了一个儿子,名叫孟皮,又叫伯尼。孟皮脚有毛病,走路有些跛。叔梁纥觉得这个孩子将来会有失他的武士身份,于是想再娶一个夫人,再生一子。于是叔梁纥向颜氏求婚,此时他已六七十岁了。颜氏把三女儿颜征在许配给了叔梁纥,后来颜征在生了一男孩,这就是孔子。
孔子出生那天是鲁襄公二十二年的农历八月二十八,刚出生的孔子头顶中间低,四周高,像山丘一样,所以取名曰丘。孔子母亲在尼丘山求子后生的孔子,且排行老二,所以孔子字仲尼。