而对于这些失地农民来说，在国内找不到工作，生计就没有着落。为了生计，他们也愿意移民到一个新的国家，开始他们新的生活。
其实就日本本身而言，日本本土自然资源匮乏，而且多地震、海啸、台风等各种灾害，并不是非常适合国家发展的地方，这也是日本后来对外扩张侵占中国大片领土的重要原因。而巴西地广人稀，土地优良，资源丰富，是日本人向往的理想居住地。
于是，日本政府与巴西政府很快达成共识，有组织地向巴西移民。1908年6月18日，“笠户丸”号轮船搭载着781名日本移民从神户港启航，经过两个多月的航行，终于抵达巴西桑托斯港。
随着移民招募机构在日本大力进行移民巴西的广告宣传，越来越多的人对移民巴西感兴趣，他们踊跃报名，很多人还是以家庭为单位进行移民。1910年到1914年期间，先后有1.42万名日本人移民巴西。而1925至1935年是日本向巴西移民的高峰期，有14万日本人先后到达巴西。
这些日本移民到达巴西以后，大部分在巴西东南部的圣保罗州从事咖啡种植业。由于巴西的土地可以自由买卖，等攒够了钱就自己去买土地开设种植园，由此他们逐渐在当地站稳了脚跟。
作为扶持移民巴西的配套政策，日本内务省专门设立资金，在日本移民比较集中的地区修建基础设施，建立日裔社区，兴办日本人学校等。所以，在这些日本人聚居区，他们可以完全像是在国内的感觉，平时交流用日语，也不需要改变生活习惯和宗教信仰，更不用学习巴西主流语言葡语，也不会和当地巴西人通婚，俨然成为日本在巴西的“国中之国”。当然，这也导致他们无法融入巴西的当地社会。
这些日裔巴西人被称为“Nikkei”，也就是“南美的日本人”。由于他们主要聚居在巴西的圣保罗州，所以圣保罗有了“南美小东京”的称号。
由于日本移民肯吃苦，又比较勤劳能干，他们逐渐站稳了脚跟。随着他们经济条件的变好，这些日本移民拥有了自己的种植园、工厂等产业，逐渐从底层向中产和更高层级跨越。即便如此，这些日本移民还保留着日本人的传统，在语言、宗教、生活习惯等方面自成一体，这也为此后的遭遇埋下了隐患。
随着日本逐渐走上对外侵略扩张的道路，并同德国、意大利等国建立法西斯同盟，巴西政府也开始对这些日本移民忧虑起来，怀疑他们是不是日本入侵巴西的先头部队。为了防止日本移民的继续增加，巴西政府于1934年宣布禁止日本移民入境。
随着日本袭击珍珠港事件的发生，美国同日本宣战，而身处南美大陆的巴西也与日本等法西斯国家形同水火。巴西宣布与日本断交，日本、德国和意大利都成了巴西的敌人，而身处巴西的日本移民处境就比较尴尬。
