凤凰书院驻扎在凤凰山上，以玄灵神火阵守护山门，内含九天玄灵神火。作为修真界唯一一个只招收女子修士的门派，凤凰书院创立1700多年，实力强于易园和儒园，居于六院中第四位，以功法——凤凰涅槃闻名于世。但因为凤凰涅槃十分刚猛，凤凰之火充满阳刚之气，与女子阴柔体质相悖，导致只有真正的浴火重生才能修炼至大成。门中弟子沧月，就是因为替陆云挡了后羿弓的一箭，濒临死境，向死而生，得以实力大增。当然也有例外，比如许洁和玉无双。

掌教玉无双是第九代传人，有师姐妹玉无尘、玉无缺、玉无暇。人如其名，美玉无双，举手投足间都有一种雍容的魅力。虽然天资聪颖，但性格懦弱，向来不喜争斗，连掌教之位都是其师父强行交给她的。

凤凰书院人丁最为兴旺，但杰出的弟子只有沧月和许洁二人。六院会武中，沧月手持啸月神剑一路过关斩将，成功会师半决赛。因为对陆沉产生情愫，所以自动认输，凤凰书院位居第三。

为了应对太阴蔽日的劫难，六院联盟成立。在剑无尘的领导下，屡战屡败，实力大损。只是一个百兽妖域的黑煞虎王，就差点将正道瓦解。而魔域的黑暗尊主趁此机会突袭凤凰书院，数百弟子无一不浴血而战，惨烈至极，逆转经脉，自爆元婴，那一刻巾帼不让须眉。唯有沧月被姗姗来迟的陆云救走，而凤凰山也在四灵神兽一声巨吼之下夷为平地。

至此，屹立1700多年的凤凰书院成为第二个被灭的门派。整个书院只剩下三人；沧月重伤，掌教玉无双和弟子许洁因在六院联盟得以幸存。

凤凰书院曾经有望崛起，因为出现了一位惊才艳艳的弟子——彩凤仙子。可是这个女人并没有振兴凤凰书院，反而亲手毁了它。书院规矩，掌教不得婚嫁，必须保持完璧。而彩凤仙子却为了两个男人，抛弃了掌教之位，追寻自己的幸福。她将自己的身心分别给了两个人，不曾想两个人都得不到，一道无形的屏障将三人相隔开来。一人郁郁寡欢，困守天魔教；一人天资绝世，飞升九天虚无界；而她自己却去了云之法界。

面对千年浩劫，天剑客降临人间促成六院联盟。彩凤仙子亦步亦趋，强行逼迫玉无双同意结盟。六院聚，天下离，凤凰书院被魔域突袭。沧月因为曾帮助陆云被彩凤仙子关禁闭，导致顶尖战力缺失，凤凰书院除沧月外，无一人逃出。而她亲手迫害的陆云，却保留了凤凰书院的火种。

此战之后，掌教玉无双心境大变，本欲重建凤凰书院，无奈遇到了陆云。

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