出乎他们的意料，肯尼迪坚决拒绝，毫不妥协。他分析，美国打了古巴，苏联肯定要打西柏林，美苏就有直接开战的危险。他后来向好友解释道：“我们不会只因为这个国家某些狂热的极端分子把所谓的民族自豪感置于国家利益之上，就陷入一场不负责任的行动。”
事后，舆论开始责备肯尼迪，都怪他不肯出兵，不肯发动核战争。肯尼迪开始对军事顾问和情报官员产生了合理的怀疑。肯尼迪告诉记者布拉德利：“我要给我继任者的第一个忠告，就是警惕那些将军们，不要认为他们是军人，在军事问题上的意见就一定值得重视。”
肯尼迪二宗罪——清洗中情局
猪湾事件后，肯尼迪决定*参谋长联席会议“这群狗娘养的”和“中情局的那帮杂种”，甚至还扬言要将“中情局碎尸万段”。
他毕竟是总统，手握人事任免权。他任命保守的共和党商人约翰·麦科思取代了一手遮天的杜勒斯，还迫使杜勒斯最铁杆的两个副手辞职。他就猪湾事件开展了调查，还放出风声，由于中情局的无能，美国需要建立一个新的秘密机构，因此将逐渐削减中情局的预算，计划到1966年总体减少20％。
此外，肯尼迪还想替换中情局的所有特工，以及在海外大使馆的美国工作人员。他任命亲弟弟罗伯待·肯尼迪负责监督所有秘密行动。中情局在这一步步的紧逼下，已经面临生死关头。
肯尼迪三宗罪——拒绝入侵中国
网上有很多说“肯尼迪曾试图摧毁中国核武发展”“60年代中国要遭蘑菇蛋”的文章。
这种说法的根源，可能来自1960年8月，艾森豪威尔批准了一个“国家战略目标清单”和“统一作战行动计划”，内容包括：在战争开始的第一个24小时内，动用美国的战略核力量同时打击中苏阵营，目标包括苏联和中国的政府控制中心、城市工业基地以及可能存在的核设施。参谋长联席会议对核打击中可能死亡的人数作出了预测：苏联和中国可能会损失3250万人，此外还包括东欧、北欧、澳大利亚、阿富汗、巴基斯坦以及中国的东亚和东南亚邻国在内近1000万人死亡。
这个计划，艾森豪威尔一字不改交给了肯尼迪政府。
其实，美国干这种事情已经是轻车熟路。杜勒斯接受采访时的原话说，艾森豪威尔曾三次差点“走到了核战的边缘”，分别是在朝鲜、印度支那和台湾。而第四个雷点，在老挝。艾森豪威尔走之前说要解决老挝共产党的问题，参谋长联席会议又开始作妖了，强烈建议肯尼迪出兵老挝，并且批准在必要的情况下将战火烧到中国，并动用核武器。
肯尼迪这次依然是毫不犹豫的拒绝了他们的要求。显然，他不觉得美军出兵打中国这么大一块地方是个好主意，虽然这的确能让军工复合体有源源不断的订单，但美国最后会怎么样就很难讲了。
这个决定，让肯尼迪和美军的关系恶化了。将军们憎恨总统绑住他们的手脚，而肯尼迪也对参谋长们不屑一顾，他轻蔑地将他们称作一帮老头子，并且认为参谋长主席菜姆尼策是个蠢货。
1963年11月4日，被暗*前18天，肯尼迪还在记者招待会上发出了缓和信号：“如果中国希望同美国和平共处，那么美国会重新设计政策。我们没有永远敌视中国的政策。”
肯尼迪四宗罪——承认美国优势
1961年10月，肯尼迪决定公开承认美国拥有巨大的军事优势。表面上他是在炫耀自家牛逼，实际上是要给国防开支降降温。
国防部长公开承认，美国掌握的核武器数倍于苏联。美国当时有45枚洲际弹道导弹，而苏联只有4枚；美国有1500架可以投掷核弹头的战略轰战机，苏联只有192架；此外，美国在欧洲部署了1000架航程覆盖苏联的战术歼击轰战机；美国已经有2.5万件核武器，苏联只有十分之一。总而言之，真的爆发核战争，苏联毫无还手之力。
So，美国人民不用恐慌啦，我们真的不需要再造新的核武器啦。原本有些歇斯底里的恐慌气氛一扫而空。
但是，战略空军司令部的鲍尔将军对这次信息披露气得发疯，他知道，只有美国面临严峻的危机，他才能拥有庞大的军事开支，他军工复合体的朋友们才会有源源不断的订单。于是，他开始寻找苏联的导弹部署基地了。在他的操作下，苏联谷仓的储粮塔、修道院的铁塔，甚至连克里米亚战争纪念碑都成了导弹发射塔，一时间洲际导弹遍布苏联全国，把毛熊都看呆了：“我咋不知道我这么牛逼嘞”？
肯尼迪的亲信顾问威廉·考夫曼劝鲍尔少发疯，别把平民当成袭击目标，鲍尔回答：“我们唯一的目的就是*光那些共产党，战争结束后，如果只剩下两个美国人和一个苏联人，那胜利就是我们的。”考夫曼快气死了，他回答：“那你最好能保证两个美国人刚好一男一女。”
前面说过，美国有45枚洲际导弹，而鲍尔这个战争狂人希望增加到1万枚，国防部长分析了一下说，我们最多最多只需要400枚，最后妥协到了1000枚。而这依然远远达不到军工复合体的期望值。
肯尼迪五宗罪——和平解决古巴导弹危机，避免核战争
至此，军工复合体连续遭遇挫折，看来看去，还是古巴这里最容易打开缺口。
1962年3月，参谋长联席会议批准了对古巴的军事行动。但总不能无缘无故就出兵，于是美军和中情局筹划了很多可笑的借口。借口1：宇航员约翰·格伦即将驾驶宇宙飞船环绕地球飞行，如果失败，美国就可以捏造证据，说是古巴的电子干扰。借口2：击沉一艘从古巴逃往佛罗里达州的难民船，嫁祸给古巴政府。借口3：导演一场古巴政府击落民用客机的假戏。借口4：拍点小电影，冒充古巴军队袭击关塔那摩美军基地。
就在美国磨磨蹭蹭找借口的时候，苏联从种种情报中确信，美国即将入侵古巴。
虽然玉米晓夫最不希望的就是与美国进行正面军事对峙，但面对美国部署在土耳其的导弹，他也没办法了，只能孤注一掷，将导弹部署在古巴，极限互换。这样既可以制约美国，不敢对苏联发动袭击，又可以保护古巴免受美国入侵。
玉米晓夫当然是在赌，赌美国不敢和苏联打核战，他是觉得，正常人肯定会避免核战争的，但他差点赌错了。
肯尼迪暗*现场
10月19日，肯尼迪会见了参谋长联席会议成员。以柯蒂斯·李梅为首的大多数人倾向于对古巴发动空袭，摧毁苏联导弹。
李梅向肯尼迪保证，如果美国对古巴的导弹发动袭击，苏联将不会作出回应。肯尼迪说我信你个大头鬼，我们今天打古巴，他们明天就打柏林。李梅说那再好不过了，三战爆发，美国不仅可以推翻卡斯特罗，而且可以趁机消灭苏联。
至于核战争，who cares?
这种漫不经心的态度让肯尼迪感到震惊。会后他对助手肯尼斯·奥唐奈说：“你能想到李梅会说这种话吗?如果我们听从将军们的话，那我们谁都别想活着回来了。”
但此时的肯尼迪真的很尴尬，理智上必须避免三战，但军工复合体和舆论都在渴望战争。肯尼迪很清楚，如果再不采取强硬行动，他肯定会遭到弹劫的。
然后，肯尼迪开始了艰难的和稀泥。首先，他拒绝了高级军事将领、政界强硬分子以及前总统艾森豪威尔的直接开战建议，而是决定对古巴实施封锁，对外界辩解称，封锁也是一种另类的战争，先把舆论忽悠过去。
李梅对此怒不可遏，他公开骂总统，这与二战前的慕尼黑绥靖政策一样糟糕。就在肯尼迪快顶不住的时候，苏联给了一个台阶：玉米晓夫传话说，我可以撤走导弹，但作为交换条件，美国也要撤除在上耳其的丘比特导弹, 并承诺绝不入侵古巴。
正在肯尼迪犹豫的时候，美军开始搞一连串小动作。战赂空军司令部从范登堡的空军基地向马绍尔群岛试射一枚导弹，但美国官方却对外发布假新闻，说坦帕和明尼苏达州受到了攻击，引发新一轮恐慌。
借着这股舆论，战略空军司令部鲍尔将军在未与总统商议的情况下，自行作出决定，有史以来第一次将戒备状态提高到二级，导弹全部上架，瞄准苏联目标。更糟糕的是，他没有按照规定将命令加密，而是直接下达，以确保苏联人能够截获，刺激苏军为了自保发射第一枪。
从这一刻起，美军基本已经是“独走”状态了。
10月27日，人类历史上最危险的一刻来了。美国海军驱逐舰队在没有总统授权的情况下，向一艘苏联潜艇b-59投掷深水炸弹，但美军不知道的是，这艘苏联潜艇带着核武器呢。潜艇上的通讯官瓦蒂姆·奥尔洛夫后来回忆说：深水炸弹伤到了艇身，潜艇内温度急剧上升，尤其是引擎室内，二氧化碳指数接近致命水平，我们几乎无法呼吸。很多执勤人员晕倒了。
