水豚的群体是联系密切的社会单位，有比较固定的核心成员。一个典型的水豚群体有1只居领导地位的雄性水豚（它的"莫里洛腺体"非常大），1只或多只雌性成年水豚，几只幼崽和未成年水豚，1只或几只次级的雄性水豚。雄性水豚之间有严格的等级划分，一般通过彼此角逐来确定地位的高低。居领导地位的雄性水豚带领下级看守群体的边界，但是很少发生战斗。雌性水豚比较能相互容忍，尽管其社会联系、等级地位或其他方面的具体细节人们还不太清楚。每个集群的地盘都是专属于它们自己的，因此可以看作是它们的领地，由所有成年成员共同看守，反击同类外来者的攻击。无论是其他的雄性水豚还是雌性水豚，只要进入它们的地盘，都会被驱逐出去。
水豚栖息在各种各样的环境中，从辽阔的草原到热带雨林。一个群体所占的地盘大小很不相同，约为0.02～2平方千米，最常见的是0.1～0.2平方千米。有些区域主要由一个群体使用，但是也不排斥其他水豚，可以被认为是公共领地。在干旱季节，这个地盘由群体中所有成年水豚共同看守，反击同类外来者的攻击。在其他季节，有可能两个或两个以上群体共同生活在一个地方，有些地方水豚密度达每平方千米200只，但是更常见的是每平方千米不到1只。
当掠食者接近群体时，第一个察觉到的水豚会发出报警的吠声，其他成员一般会警觉地站着；如果掠食者很近，或第一个察觉到的水豚持续发出警报声，其他的水豚就会快速跳到水里面，成年水豚会围成一个圈包围住小水豚。在委内瑞拉和哥伦比亚，水豚全年都可生育，在雨季开始的5月份左右，明显出现生育高峰。在巴西更温暖的一些地区，它们可能每年仅生育1次。当雌性水豚发情时，雄性水豚就紧紧地跟在后面一个小时以上。雌性往返于水面和陆地之间，当雄性靠近时，会不断地停止步伐。交配在水中进行，当雌性水豚停止活动时，雄性爬到雌性的背上，有些时候雄性水豚会利用自身的重量将雌性水豚压入水下。像其他啮齿目动物一样，交配一般持续几秒钟，但是每次交配都会有几次乘骑。
150天后，雌性水豚将会生下最多7只小水豚，平均为4只。将要生产时，雌性水豚会离开它所在的群体，到附近的遮蔽体去。几个小时后就会生出小水豚，小水豚都很早熟，出生1周内就可以自己吃草。分娩后几个小时内，当小水豚能够行走时，母水豚就带着它们回到群里。母水豚似乎主动让小水豚吃奶，而不是小水豚主动吃奶。小水豚在群里的大部分时候，处于一个联系紧密的"托儿所"中，只在母水豚之间活动。当它们活动的时候，往往不断地发出唧唧声。
小水豚很容易疲惫，因此易于受到掠食者攻击。它们最怕秃鹰和驯化或半驯化的狗，因为这些动物喜欢捕捉它们。鳄鱼和狐狸也很有可能攻击小水豚。过去，美洲虎和其他体型比较小的猫科动物是其主要的攻击者，但是现在这些动物在委内瑞拉和哥伦比亚的大部分地区都差不多灭绝了，只在巴西的一些地区，美洲虎仍然大量捕捉小水豚。
