在这一过程中她对政治的兴趣表现得日益浓厚。在当时奥地利国内的民族冲突中她总是站在匈牙利一边，这就引起了以她婆婆为首的维也纳宫廷中一大批鄙视匈牙利人的权贵们不满。同时在儿子的养育和教育问题上身为婆婆的索菲再次发难。这次茜茜为了争取儿子的抚养权选择与婆婆对抗。在和以婆婆为首的维也纳宫廷权贵的抗争中心力交瘁的茜茜身体状况开始逐渐恶化。

从1860年起才20多岁的茜茜就先后患上了贫血症、肺结核等多种疾病。在近代旧中国被称为“肺痨”的肺结核通常被视为一种不治之症。即使是在医疗技术相对较为发达的欧洲王室也将这种病视为极为棘手。曾为茜茜诊治过的肺科专家约瑟夫·斯柯达医生曾建议她立刻动身前往马德拉休养。茜茜以此为由离开了令她心烦意乱的维也纳隐居着度过了冬天，直到六个月后茜茜才重新回到维也纳宫廷。

可就她回来仅仅四天后就又开始咳嗽和发烧。那段时间的茜茜几乎没吃什么东西且睡不好觉。斯柯达医生观察到她的肺部疾病又再度复发了。茜茜根据医生提出的疗养建议前往了科孚岛。在这里茜茜的健康状况得到了极大的改善。可只要一回到维也纳烦闷的生活氛围立刻就会对她的健康产生副作用。茜茜的私人医生菲舍尔在对她进行检查时发现她患有严重的贫血和水肿。

年纪并不大的茜茜却时常脚肿到必须在别人的搀扶下才能走路的地步。茜茜在医生的建议下前往巴特基辛根接受治疗 。茜茜在矿泉疗养地很快就恢复了健康。茜茜还在疗养期间抽空回到巴伐利亚和自己的家人度过了很长一段时光。身为奥地利皇后却长期缺席维也纳宫廷久而久之引起了诸多流言蜚语。1862年8月离开维也纳已两年的茜茜在流言蜚语的压力下不得不回到了宫中。