可她在路上就呕吐了四次，等回来后有患上了剧烈的偏头痛。事实证明维也纳的生活氛围所造成的心理压力对茜茜的健康造成了巨大的负面影响，然而身为王后的茜茜又不可能始终缺席宫廷生活。从此以后茜茜就过上了在维也纳与外地之间来回奔波的生活：当她的健康状况恶化到一定程度时不得不离开维也纳去外地疗养，可在外面呆久了之后又会迫于外界的议论而不得不回到维也纳。

鲁道夫4岁时弗兰茨·约瑟夫表示希望能和茜茜再生一个儿子，然而此时茜茜的私人医生菲舍尔明确指出：皇后的健康状况不容许再次*。其实弗兰茨·约瑟夫之所以这么迫切希望再生一个儿子并不是将茜茜当成生育工具，而是因为他身为奥地利皇帝必须为皇室家族的政治稳定考虑——在当时的医疗条件下孩子夭折并不是什么稀奇事，所以只有一根独苗实在不怎么保险。

在这件事上帝国的稳定和茜茜的健康实际上构成了一对矛盾。无论弗兰茨·约瑟夫对茜茜的感情如何，可在这个问题上他所面临的是一个无解之局。再后来茜茜的健康状况进一步恶化。这下不仅生育二胎的希望完全落空了，而且她甚至已无法再和丈夫保持正常的夫妻生活。不久宫中就传出一向被视为专情好男人的皇帝和异性存在暧昧关系。无论事情是否属实对此时的茜茜而言都是沉重的打击。

1889年茜茜的独子鲁道夫在梅耶林狩猎小屋内自*。原因据说是因为遭遇父皇弗兰茨·约瑟夫的干涉而与情妇殉情，不过这等宫闱秘事的真相也许我们永远无从得知。1898年60岁的茜茜匿名前往瑞士的日内瓦旅行，但在其下榻的酒店工作人员中却有人泄露了奥地利皇后是该酒店的客人的消息，1898年9月10日下午1时35分茜茜在日内瓦被意大利无政府主义者路易吉·卢切尼刺*身亡。