保障性住房是指各级人民政府或者指定经营单位回购的廉租住房、公共租赁住房，以及按照政策规定向特定对象销售的经济适用住房、限价商品房（含比照经济适用住房、限价商品房管理）等具有保障性质的各类住房。（依据国务院办公厅《关于保障性安居工程建设和管理的指导意见》国办发〔2011〕45号文件）

国税发〔2010〕53号文没有规定保障性住房规定最低预征率，因此各地区的规定不同，大部分地区的税务机关出台地方性文件，规定房地产开发企业不需要就保障性住房预缴土地增值税，比如北京市、江苏省、山东省、四川省、武汉市。但小部分地区规定保障性住房需要预缴土地增值税，比如潮州市规定在开发商品住房项目中配套建造经济适用住房能分开核算的，按1.5%预征土地增值税。

财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995] 48号)规定：转让旧房，增值额未超过扣除项目金额50%的，按30%的税率计征土地增值税。

目前各项税收文件中虽然对符合条件的廉租房、经济适用房、公租房有一些免税优惠，但没有规定可以不征或免征土地增值税。

财政部、国家税务总局《关于廉租住房经济适用住房和住房租赁有关税收政策的通知》（财税〔2008〕24号）规定：企事业单位、社会团体以及其他组织转让旧房作为廉租住房、经济适用住房房源且增值额未超过扣除项目金额20％的，免征土地增值税。但未规定房地产开发企业转让新建廉租房、经济适用房免土地增值税。

《关于公共租赁住房税收优惠政策的公告》（财政部 国家税务总局公告2019年第61号）、《财政部 税务总局 住房城乡建设部关于保障性住房有关税费政策的公告》（财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2023年第70号）规定：企业事业单位、社会团体以及其他组织转让旧房作为公租房房源，且增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税。但对于房地产开发企业销售新建房屋作为公租房房源的是否免土地增值税未作出规定。

有观点认为，假如将保障性住房单独作为土地增值税的清算单位，则没有必要针对保障性住房的销售作出免土地增值税的规定，因为保障性住房的增值额几乎不可能超过扣除项目金额的20%。《经济适用住房管理办法》（建住房〔2007〕258号）第20条规定，确定经济适用住房的价格应当以保本微利为原则。其销售基准价格及浮动幅度，由有定价权的价格主管部门会同经济适用住房主管部门，依据经济适用住房价格管理的有关规定，在综合考虑建设、管理成本和利润的基础上确定并向社会公布。房地产开发企业实施的经济适用住房项目利润率按不高于3%核定。但是，保障性住房并未被作为一个单独的土地增值税清算单位，税务机关对其征税的，会将其归入普通住宅类，与普通住宅一起计算缴纳土地增值税。

房地产企业将保障性住房建成后，主要通过三种方式移交给国家。分别是无偿移交方式、直接移交方式、政府收购方式。对于政府收购保障性住房，与其他不动产转让一样，转让方需要计收入，相关扣除项目也与其他房地产交易一样，一般不会因为是保障性住房而产生争议。对于无偿移交与直接移交保障性住房的，不同地区的税务机关有不同的土地增值税征收政策。

1、无偿交付给政府的保障性住房是否确认土地增值税收入

有的地方政府要求房地产开发商将配建的保障性住房无偿移交给政府。以上海为例，上海市人民政府办公厅转发市住房保障房屋管理局等《关于本市保障性住房配建实施意见的通知》（沪府办发〔2012〕61号）规定，凡新出让土地、用于开发建设商品住宅的建设项目，均应按照不低于该建设项目住宅建筑总面积5%的比例，配建保障性住房；郊区有条件的区域，应进一步提高建设项目的配建比例。配建的保障性住房应无偿移交政府用于住房保障，并在建设用地使用权出让条件中予以明确。

国税发〔2006〕187号文第3条第1款规定，“房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给*或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产。”在这个条文中，并没有规定房地产企业将保障性住房无偿移交给政府的视同销售。但这个条文在列举的视同销售情形后面加了个“等”字，意味着视同销售的情形并不局限于所列情形，还有其他情形也可以被视同销售。因此，由于立法的不明确，关于房地产企业将保障性住房无偿移交给政府是否视同销售，各地税务机关的理解不一样。

上海市税务局内部有一个《关于配套的保障性住房相关税收问题的政策操作口径的通知》，该通知要求征收土地增值税的相关部门统一口径，但对于房地产开发企业将配套建设的保障性住房无偿交付给政府是否视同销售确认收入，这个通知没有明确，不过实际操作中不确认收入。广东的处理方式则不一样，根据《广东省“三旧”改造税收指引（2019年版）》（粤税发〔2019〕188号）的规定，不动产权属登记首次登记在房地产开发企业名下，再通过转移登记将权属办至政府指定接收单位名下。出让合同（公告）或不动产无偿转让协议约定无偿移交的，应视同销售确认收入，同时将此确认为取得土地使用权的成本，在计算土地增值税时予以扣除。

由此认为，房地产开发企业将保障性住房无偿交给政府的，不应视同销售处理。

第一，对于公租房、廉租房等，没有同类房地产的平均销售价格和市场交易价格。

国税发〔2006〕187号文第3条对视同销售的房地产确认收入的方法有两个，一是按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；二是由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。

因公租房、廉租房、人才安置房等不能上市交易，因此，既没有同类房地产的平均销售价格，也没有同类房地产的市场价格。假如一定要确认收入，则只能采用评估价，而且不能用市场评估法评估。

第二，将建成的保障性住房交给政府并非支付土地出让金，而是房地产开发企业对国家的赠与。

有学者认为，房地产开发企业建设保障性住房，是源于“限地价、竞配建”的结果，根据《国有建设用地使用权出让地价评估技术规范》（国土资厅发〔2018〕4号）的规定，采用“限地价、竞配建”方式出让土地使用权的，土地估价报告通过配建方式和配建成本折算配建面积。即配套建设保障性住房的，土地使用权出让金会低于市场价格，房地产开发企业将保障性住房无偿交付给政府，是出于对“低”地价的补偿，不属于赠送。

这个观点的不足之处表现在两个方面：一是保障性住房的价值并没有被计入土地出让金计征契税；二是国家明文规定不允许以土地换项目的形式减少政府土地收入；三是土地使用权出让金虽然因为保障性住房的建设而有所减少，但是，房地产开发企业对于保障性住房所占有的土地，连同保障性住房一起交还给了国家，并没有通过转让该土地使用权取得任何收入，政府本不应该就保障性住房所占用土地收取土地出让金。

因此，就整个开发项目所占用土地的出让金低于市场价格是应该的。基于上述理由，房地产开发企业将保障性用房无偿交付给政府并不是支付土地使用权对价，而是一种赠与行为。

第三，房地产开发企业将保障性住房无偿交付给政府的行为，是一种公益性赠与行为，不属于《土地增值税暂行条例》第2条规定的“转让”，不应当视同销售确认收入。

房地产开发企业将保障性用房无偿交付政府，属于财税〔2016〕36号文第14条第2款规定的用于国家的公益事业，不属于视同销售的范畴，不应当按国税发〔2006〕187号文第3条第1款规定的视同销售行为处理。房地产开发企业将保障性住房交付给政府的内容规定在土地使用权出让合同中，一旦土地使用权出让合同生效，房地产开发企业不能单方面撤销合同，在将保障性住房的权利转让给政府之前，无权根据《民法典》第658条第1款的规定撤销赠与，因为《民法典》第660条规定，具有救灾、扶贫等社会公益、道德义务性质的赠与合同或者经过公证的赠与合同，赠与人必须履行赠与义务。而保障性住房正好是为了解决贫困人员的住房问题。

2、直接交付给政府的保障性住房是否确认土地增值税收入

所谓直接交付，是指土地使用权登记在政府相关部门名下，房地产开发企业将房屋建好后，大产权也未登记在房地产开发企业名下。因此，房地产开发企业将房屋移交给政府相关部门时，不需要办理产权过户手续。

上海配建的保障性住房建成后，大产权直接办理到区保障房管理机构名下，房地产开发企业无需开具发票，无需确认土地增值税收入。

《广东省“三旧”改造税收指引（2019年版）》（粤税发〔2019〕188号）规定，配套建设地块和经营性地块合并供地，土地出让合同中列明直接将配套建设地块国有建设用地使用权（可共用宗地）以出让方式首次登记到政府指定行政事业单位。不动产登记部门依法依规将配套建设首次登记到政府指定的行政事业单位。房地产开发企业将保障性住房移交给政府有关部门时，不确认收入。

对于直接交付的保障性住房所占用的土地，房地产开发企业自始未取得建设用地使用权。根据房随地走、地随房移的原则，房地产开发企业既不能就其修建的保障性住房办理不动产权证，又不能随意处置保障性住房。在交付保障性住房时不需要办理建设用地使用权过户手续，也不能办理保障性住房的过户手续。加之房地产开发企业本来未取得任何收入，故上海、广州对直接交付的保障性住房不计房地产开发企业的土地增值税收入合情合理。

3、交付给政府的保障性住房的成本费用应当如何扣除

由于法规没有就保障性住房的成本费用如何扣除作出明确统一的规定，因此，不同地区有不同的成本扣除方式，同一个地区不同交付形式的保障性住房的成本扣除方式也不一样。

对于直接交付方式，粤税发〔2019〕188号文规定，直接移交方式，其发生的建筑安装工程成本确定为取得土地使用权的成本扣除；上海市税务局内部《关于配套的保障性住房相关税收问题的政策操作口径的通知》规定，实际发生的成本，可参照国税发〔2006〕187号文第4条第3款的规定处理。即成本、费用可以扣除。

对于无偿交付方式，粤税发〔2019〕188号文规定，将视同销售的收入金额确认为取得土地使用权的成本；上海市税务局内部《关于配套的保障性住房相关税收问题的政策操作口径的通知》规定，签订的土地出让合同中明确需要配建一定数量的保障性住房并无偿移交给区保障房管理机构的，土地增值税项目清算时，企业配建的保障性住房实际发生的成本，可参照国税发〔2006〕187号第4条文第3款的规定处理。即成本、费用可以扣除。

对于无偿交付给政府的保障性住房，有人认为应当按评估价格确认收入，同时也按评估价格确认扣除项目金额。笔者认为，即使就无偿交付给政府的保障性住房确认土地增值税收入，也不宜以评估价确认扣除项目金额，以评估价确认扣除项目金额缺乏法规依据。房地产开发企业用建造的本项目房地产安置回迁户，之所以能按确认的收入金额作为拆迁补偿费扣除，是因为国税函〔2010〕220号文第6条作了明确规定。而就保障性住房的项目扣除问题，没有相关文件作出特别规定。

广东将无偿交付的保障性住房的成本视为取得土地的成本进行扣除的方法，值得学习推广。这个方法一方面简单易操作，不需要就成本支出分类扣除，可以减轻征纳成本，免除实务操作过程中征纳双方的争议；另一方面对房地产开发企业有利，因为归入取得土地使用权的成本进行扣除意味着可以加计20%扣除，在同一宗地上有普通住宅，且保障性住房归属于普通住宅进行清算的话，会拉低普通住宅的增值率，从而减轻房地产开发企业的税负。

综上所述，房地产开发企业将配套保障性住房无偿移交给政府时，有的地区不确认土地增值税收入，有的地区需要按视同销售确定土地增值税收入；将配套保障性住房直接交付给政府的，各地基本上不确定土地增值税收入。对于配套保障性住房的成本扣除，虽然各地都允许扣除，但扣除的方式不一样。有的按照视销售确定的收入金额作为成本扣除额，有的按实际成本费用支出扣除；有的将成本费用等归入取得土地的成本进行扣除，有的需要根据实际支出分类扣除。