佛家说：一花一世界，一叶一菩提。对每个信佛之人来说，菩提意义非凡。在南山寺门西侧，有棵远近闻名的菩提树。按佛经所记载，佛祖释迦牟尼曾在位于菩提迦耶的一棵毕钵罗树下潜心打坐七七四十九日，终于大彻大悟，成为佛陀。佛教传入中国后，很多寺院都种有菩提。

清代贵县人曾绍箕曾作诗《南山即景》：“行看池畔菩提树，灵鸟枝头学梵音”。由此可知，南山寺这棵菩提树已有至少三百多年树龄，难怪是镇寺三宝之一。

远远看上去，菩提树身姿苍劲、盘根错节、枝繁叶茂，翠绿的颜色和寺院的红色、黄色形成了鲜明对比，的确是悟道的好地方。千年风雨，将这棵树锤炼得更加挺拔。

走过菩提树，南山寺有一绝——遍布岩洞内外的摩崖石刻。洞门刻有很多文字，一幅“洞门云锁三冬暖，石室风生九夏凉”的对联十分显眼。

宋代是我国文字、诗画发展到极致的朝代之一，因而南山寺也留下了自北宋起历代名人墨客留下的石刻遗迹，形式有诗词、题记、序跋和名碑等等。