8时13分29秒，客机到达马萨诸塞州上空7900米处，机长按照空管中心的指示，将客机航向右转20度。

8时13分47秒，空管中心要求客机爬升至11000米的巡航高度，但没有收到机长的回应。

8时14分左右，1名埃及人和4名沙特人从座位上起身冲撞驾驶舱，用匕首划伤2名空乘，*死1名反抗的乘客，最后成功占领驾驶舱，*死机长，取得了飞机的控制权，埃及人阿塔为头目，开始驾驶客机飞行。

8时16分，客机在8800米高度停止爬升。

8时21分，客机关闭了应答系统。

8时24分，阿塔准备用广播系统告诉乘客飞机被劫持的消息，但按错了按钮，接通了空管中心。空管中心值班人员本来就联系不到飞机，又突然听到飞机传回来的声音，确认飞机被恐怖分子劫持，马上将消息上报至联邦航空局。

8时26分，客机向南转向。

8时37分，空管中心确认了客机的位置，紧急通知北美航空航天防御司令部东北防空部门，同时客机开始下降高度。

8时43分，客机完成最后转向，向曼哈顿飞去。

8时46分，防空部门下达F-15战斗机起飞拦截客机的命令。

8时46分30秒，阿塔驾驶客机以每小时748公里的速度，撞向了世贸中心北塔北面的93至99层，机上92人全部死亡。客机上还载着3.8万升燃油，引发大火。

8时53分，马萨诸塞州的两架F-15战斗机起飞，但为时已晚。据北美航空航天防御司令部测算，从战斗机起飞到成功拦截该客机至少需要9分钟。

10时29分，世贸中心北塔因为长时间的火灾破坏了建筑物结构而倒塌。

恐怖分子劫持客机期间，两名空乘找机会向地面打了紧急电话，通报了客机上的情况和恐怖分子的座位号。

经查，当天6时45分，阿塔和另一名恐怖分子到达波士顿洛根机场，与此同时，另外三名恐怖分子也到达洛根机场。7时40分，5名恐怖分子全部登上飞机。阿塔带了两件行李，机场抽检没有检查出问题，但包里装有折叠刀和辣椒喷雾，还有波音飞机模拟飞行器的录像带，不过因为登机时间紧，阿塔的包并没有带上飞机。另外三名恐怖分子的行李机场也没有检查出问题，使三人顺利将匕首带上飞机。

该航班是一架波音767-222客机，机身编号N612UA，从波士顿洛根机场飞往洛杉矶国际机场，当天共有乘客56人（含5名恐怖分子），机组成员9人。客机原计划于8时00分起飞，但最终于8时14分起飞。

8时33分，客机到达9500米巡航高度。

8时37分，空管中心询问客机是否看到美国航空11次航班，此时机组成员正好可以看到美国航空11次航班的位置，于是进行了回复，空管中心收到消息后只是告诉机长注意回避美国航空11次航班，并没有告知该航班已经被劫持。

8时42分左右，2名恐怖分子冲进驾驶舱*死机长和副驾驶，取得客机的控制权，但并没有关闭应答系统，因此地面依旧可以跟踪客机的信号。

8时47分，客机偏离预定航线。

8时51分，空管中心发现客机偏离预定航线，五次与客机联系，但均未收到回应，于是通知附近其他客机远离该航班。

8时55分，空管中心确认该航班被劫持。

8时58分，客机飞到新泽西上空8600米位置，在飞向纽约市的途中不断下降高度，5分钟内下降超过7300米，这是任何一架客机从未尝试过的下降速度。

9时03分02秒，恐怖分子驾驶客机以每小时950公里的速度，撞向世贸中心南塔南面77层和85层之间，机上65人全部死亡。客机上还载着约3.8万升燃油，引发大火。部分机身穿过大楼砸向对面，造成更多的建筑物坍塌。

因为在17分钟之前已经有一架客机撞向了世贸中心北塔，几百家媒体在世贸中心附近正向全世界直播这一突发新闻。17分钟之后，全世界的人们在电视画面里亲眼目睹175次航班撞击世贸中心南塔的画面。

9时59分，世贸中心南塔因为长时间的火灾破坏了建筑物结构而倒塌。

恐怖分子劫持客机期间，空乘人员找机会向地面打了紧急电话，通报了客机情况和恐怖分子座位号。

经查，5名恐怖分子中有2名阿联酋人，3名沙特人。2名恐怖分子于9月7日到达波士顿，2名恐怖分子于9月8日到达波士顿，此次劫机事件的头目马尔万于9月9日到达波士顿，并且与劫持美国航空11次航班的阿塔住在酒店的同一个房间。9月11日，5名恐怖分子分3批分别于6时20分、6时45分、6时53分通过机场安检，恐怖分子藏在行李中的匕首并没有被检查出来。7时28分，5人全部登上飞机。