从江户时代开始，木内石亭、新井白石等人就开始研究日本人的起源，幕府时期科学方法正式被引入了这项研究之中，有关日本人的祖先到底是谁的说法，众说纷纭。有人说是徐福，有人说是阿伊努人，而根据最新DNA排查结果来看，日本人的祖先竟极有可能来自于中国两省？

传说在秦朝有著名炼金术士徐福，受秦始皇派遣带一众童男童女去海上寻蓬莱、方寸以及瀛洲三座仙山，后来徐福果然发现了神仙岛，但是却没有再驾船返回，反而带人在那里扎根下来，繁衍生息，而这个岛就是如今的日本。

当近代历史学家给出这个说法的时候，很多人是不置可否的，可是随着徐福墓在日本被发现，再联系日本长期供奉徐福的习俗，很多日本人都相信了这个学说，并且自诩为徐福等中国人的后代。

虽然这个学说听起来有模有样，但是毕竟缺乏科学的论证，所以仍旧不足以服众，而1823年荷兰医生史德波则是联合他的儿子，将科学方法融入到了这方面的研究之中，最终让人发现日本人极有可能是阿伊努人的后代。

之后不久，美国动物学家摩斯就发现了日本贝冢遗迹，开创日本现代考古以及人类研究学两大方向，被誉作日本考古学奠基人。而日本著名学者平井五郎在赴欧四方学习后，最终得出了约史德波截然不同的结论，他认为阿伊努人和黑矮人在人种上存在明显差别，并不是所有的日本人都源于阿伊努人。

在平井五郎的研究基础上，日本学者综合考古发现，对日本人种进行了详细划分，从先后顺序的角度来看，可以划分为本土人和渡来人。从人种的角度来看，可以分为绳文人和弥生人，综合起来就是4个派系：本土绳文人，本土弥生人，渡来绳文人、渡来弥生人。