二审判决：公司处罚5000元的决定合法有效，但处罚3000元的决定不合法，应当返还

二审法院认为，关于案涉两次扣除工资行为如何认定的问题。

首先应当对企业是否有权对员工通过扣除工资的方式进行处罚进行分析认定。

依照《中华人民共和国劳动合同法》第四条之规定可知，用人单位应当依法建立完善规章制度，用人单位在制定、修改、决定有关劳动报酬、劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当严格依照法定程序进行，同时用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

在本案中，公司针对本公司日常运行以及员工纪律的管理等方面制定相应规章制度，当员工违反本公司相关规章制度或法律法规时，通过对员工工资进行适当扣除，并不违反法律的禁行性规定，但是应当严格依照法定程序进行。

其次应当对案涉两次扣除工资的行为分别进行分析认定。

1.公司对王正山进行扣除工资5,000元的处罚所依据的《关于客票款管理及违纪处罚规定》经过了相应民主程序，且王正山自认对自己作出的《关于对驾驶员王正山的处理决定》已进行公示，且自己在公示时即知情。因此应当认定公司对王正山的该项处理决定合法有效。且经过庭审调查核实及双方自认可知，公司对王正山的该项处罚于2017年10月开始，以每月扣除人民币500元的方式进行，直至2018年7月左右扣除完毕。而王正山于2019年10月21日提起劳动仲裁申请已过仲裁时效，因此关于王正山要求公司返还扣除工资5,000元的上诉请求，法院不予支持。

2.而公司对王正山进行的扣除工资3,000元的处罚措施，公司仅在庭审时提交了该项处罚措施所依据的《关于印发集团公司安全生产处罚条例的通知》，并未提供证据证明该通知系经过民主程序依法制定，亦无法证明该项处罚决定经过公示或已告知王正山，公司作为负有举证证明责任的当事人应当承担相应不利后果，故应当认定公司依据该通知对王正山进行的案涉处罚并不符合法律规定。公司应当将已扣除的工资3,000元返还给王正山。

综上二审判决如下：驳回上诉，维持原判。

申请再审：法律法规并未对劳动者进行惩罚（如罚款）作出禁止性规定

公司向高院申请再审称,一、二审法院适用法律错误。

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条的规定，单位制定的劳动规章制度经工会及全体职工大会或职工代表大会通过，并向职工公示即合法，对单位职工有约束力。在职工违反单位制定的劳动规章制度的情形下，单位有权进行处罚。

其次，《工资支付暂行规定》第十六条规定：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”而《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规并未对劳动者进行惩罚（如罚款）作出禁止性规定，用人单位对劳动者的惩罚不超过《工资支付暂行规定》第十六条的规定即可。

最后，公司制定了专门的安全生产处罚条例，相关处罚条例已经通知公司机关各部门及下属基层单位，王正山在劳动争议仲裁阶段也自认知晓相关处罚条例。故公司按照其指定的处罚条例对王正山罚款3000元并无不当。