不过在1526年的莫哈奇战役中，匈牙利军队被奥斯曼击溃，匈牙利兼波西米亚国王战死，这导致了匈牙利王国一分为三，东匈牙利王国纳入奥斯曼帝国版图，而包括斯洛伐克在内的西部则纳入了哈布斯堡王朝统治。

没了国王可以选，波西米亚国会选举神圣罗马帝国的“皇弟”费迪南大公，继任波西米亚国王（1556继任神圣罗马帝国皇帝）。

这让捷克和斯洛伐克人生活到了一个屋檐下，虽说头顶同一片天，但捷克人由王室直接统治，而斯洛伐克人则依然由匈牙利人管理。

哈布斯堡王朝的开明君主制度让捷克的文化开放，工商业繁荣。不仅在15世纪打响了宗教改革的第一枪，由于工业发达，到20世纪初，捷克的工业产量占全国的80%，还成为奥匈帝国的工业心脏，与此同时捷克人还享有宪政与自治经验，

斯洛伐克人显然没这么幸运，匈牙利人的沙文主义思想浓厚，将斯洛伐克称之为“上匈牙利”，推行匈牙利化政策，控制斯洛伐克人的思想和教育，人们只能到匈牙利学校接受匈牙利式教育，甚至没有自己的文字，直到1843年才创立自己的斯洛伐克文字。

捷克人和斯洛伐克人，在哈布斯堡王朝的旗帜下共同生活了数百年，终于随着奥匈帝国的解体赢得了自由的机会。

随着拿破仑战争的扩张，欧洲被压迫的民族开始了民族觉醒，奥匈帝国境内的斯拉夫人开始追求民族独立运动。

共同的血脉以及历史命运让捷克和斯洛伐克走到一起成为可能。1848年，捷克人召集了斯拉夫人代表大会，讨论了哈布斯堡王朝内部斯拉夫人合作的可能性，并在1896年成立了“捷克斯洛伐克协会”，协会组织捷克向斯洛伐克进行援助，自1908年以后每年都在摩拉维亚举行捷克-斯洛伐克会议。

“捷克斯洛伐克”这一概念逐渐被人们使用并接受。

1915年10月，捷克人和斯洛伐克人代表在美国签署了《克利兰夫协定》，主张波西米亚、摩拉维亚、捷克和斯洛伐克共同组建一个联邦国家。

对于捷克人和斯洛伐克人的要求，美国自然喜闻乐见，毕竟欧洲多一个国家就分散一份力量。因此1918年初，美国总统威尔逊提出了“和平世界纲领”的“十四点原则”，其中之一就是“允许奥匈帝国境内各民族自决”。

威尔逊的提议给了捷克人和斯洛伐克人在奥匈帝国崩溃后，成立独立国家的法理依据。所谓的“民族自决”要求区域内有一个占总人口60%以上的主体民族，可是在捷克斯洛伐克范围内，生活了1300多万人口，其中捷克人680万、德意志人310万、斯洛伐克人190万、匈牙利人74万，也就是说无论哪个民族都不能单独达到60%这条红线，除非各民族分别独立成为单独的国家。

但是一战结束后，欧洲局势风云变幻，小国家很难独善其身，所以连克罗地亚人和斯洛文尼亚人都选择了同塞尔维亚联合。

纵观境内的4个主要民族，有独立意愿的只有捷克人和斯洛伐克人，二者相加达到了870万人，勉强超过60%的及格线。

于是在1918年10月28日，捷克斯洛伐克共和国成立了。

要说一下的是，1919年6月16日，受苏俄十月革命的影响，斯洛伐克成立了仅存在21天的“斯洛伐克苏维埃共和国”，这算是斯洛伐克人第一个独立的民族政权。

根据独立之前的《匹兹堡协议》，在这个独立国家中，斯洛伐克人享有自治权，可以成立自己的议会和行政机构。尽管德意志人超过了斯洛伐克人，但是没有自治的权利，因此从严格意义上讲，捷克斯洛伐克是一个“双主体民族国家”。