公元7世纪阿拉伯帝国崛起后同样入侵了位于印度西北部的印度河流域，从此伊斯兰教开始在这一地区流传开来。13～16世纪突厥人和阿富汗人进入跨越兴都库什山脉进入印度河流域，他们在这一地区大力发展伊斯兰教，至此伊斯兰教在这一地区彻底扎下了根。1526年德里苏丹国被蒙古和突厥混血的莫卧儿王朝取代，具有中亚突厥血统的莫卧儿王朝控制了印度绝大部分地区，开始在全印度大力推行伊斯兰教。由于本土的印度教徒数量过于庞大，信仰伊斯兰教的莫卧儿王朝无法将其完全同化。

不过莫卧儿王朝仍通过向非伊斯兰教徒征收人头税等措施使伊斯兰教在印度河流域逐渐站稳了脚跟，至此印度河流域由信仰印度教的雅利安人占多数逐渐转变为穆斯林人口占多数。印巴分治时作为印度文明发源地的印度河流域由于早已皈依伊斯兰教，所以被划分在巴基斯坦一侧。由此可以看出巴基斯坦种族演变的复杂历程：古印度文明尽管发源于如今位于巴基斯坦境内的印度河流域，然而自从印度文明的中心转移到恒河流域后如今的巴基斯坦所在的印度河流域长期是和印度次大陆其他地区分离的。

如今巴基斯坦所在的这片区域在历史上先后被波斯人、马其顿人、大月氏人、阿拉伯人、突厥-蒙古人所统治。在经过漫长的岁月变迁后这片区域所生活的实际上已不单纯只是雅利安人后裔了，但也不能否认这片区域一定有相当一部分人和印度境内的印度斯坦族一样是有雅利安血统的。作为外来征服者的突厥-蒙古人尽管最终用伊斯兰教同化了这一地区，但他们不可能把当地的雅利安后裔*光，一定有相当部分的雅利安后裔皈依了伊斯兰教。

由此可见巴基斯坦人中的确有相当一部分人和印度人同宗同源，但在漫长的历史岁月中这片土地上也融入了马其顿人、大月氏人、阿拉伯人、突厥-蒙古人等不同民族的血统。那么在经过如此复杂的民族融合之后还能不能说巴基斯坦人和印度人是同宗同源呢？对此巴基斯坦和印度的观点是截然对立的：巴基斯坦人认为自己是操乌尔都语的穆斯林民族，和印度有着截然不同的历史文化传承；印度则认为巴基斯坦人和印度人在本质上就是一个民族，只不过所信奉的宗教不同而已。