这些教派的具体主张存在一定差异，但这些教派大多认为传统的主流基督论存在错误。公元325年君士坦丁大帝将罗马主教亚历山大以及阿塔纳西乌斯、阿里乌斯等教会高级成员召集到小亚细亚西北的尼扎城讨论当时备受帝国人民关注的“三位一体”问题。以亚历山大、阿塔纳西乌斯等人为代表的支持“三位一体”学说的派别赢得了辩论。从此这一派就被视为基督教正统，而反对“三位一体”学说的阿里乌斯信徒则被视为异端。公元431年聂斯脱利派也在以弗所会议上被认定为异端。

被视为异端的阿里乌派、聂斯脱利派为躲避以正统自居的罗马教会破坏只得向东方发展。聂斯脱利派成立了自己独立的教会——东方亚述教会。该教会在唐贞观九年（公元635年）左右沿着丝绸之路一直传入我国境内。由于这一教派是由波斯传入我国，因此我国唐代典籍中聂斯脱里派的教堂被称为“波斯寺“或称”十字寺“。聂斯脱利派在我国典籍中称为景教。景教也传播到北方草原的游牧民族之中：成吉思汗统一蒙古草原之前克烈、汪古、乃蛮三部就信奉景教。

当阿里乌派、聂斯脱利派等所谓的异端教派分离出去后被视为正统派的尼扎教派内部也在经历分裂。公元395年罗马帝国一分为二之后东罗马帝国和西罗马帝国在各自的首都君士坦丁堡和罗马城都发展出一套相对独立的宗教体系。以罗马城为核心的西部教会和以君士坦丁堡为核心的东部教会由于所在的地域文化不同使其在对教义的理解上逐渐出现分歧。公元476年西罗马帝国灭亡后罗马主教开始与涌入原西罗马帝国领地的日耳曼统治者合作，而昔日被视为蛮族的日耳曼人也在这一过程中逐渐皈依基督教。

罗马教会的影响力开始由西罗马帝国统治的西欧大陆扩张到不列颠、爱尔兰、北欧等地。权力膨胀的罗马教皇开始试图迫使东罗马帝国的皇帝和教会臣服于自己。双方的矛盾经过日积月累最终在圣像崇拜问题上发生了尖锐的冲突。早期的教会是不允许搞偶像崇拜的：理论上教徒应该在内心侍奉天上的主，而不是在教堂参拜一尊泥塑的耶稣像。这实际上还不是基督教的特例，因为早期的佛教徒也是反对立像的：早期的佛教徒认为人们应该礼拜佛法而不是参拜泥塑的雕像。