康熙又问及中国儒家与天主教义有何异同，结果对方回答称不知有何异同。事后康熙不无恼怒地下旨申斥：“愚不识中国字，又不善中国语言。你这等人竟敢议论中国文化就像是站在门外从未进屋的人讨屋中之事。你说的话完全没一点根据”。从康熙这番叙述来看早期的中国人并不是以一种天朝上国盲目自大的心态拒绝基督教的。事实上利玛窦、汤若望等早期来华传教士曾在中国取得过较为不错的传教成绩。这一切都是建立在彼此互相尊重对方风俗习惯的基础上。

当利玛窦、汤若望等早期来华传教士试图通过与中国本土文化的融合打开基督教传播新局面时欧洲的教会人士却以一种固执的傲慢与偏见看待中国文化。1715年教皇克雷芒十一世在教谕中申明不许中国教徒祭孔祭祖、吊丧行礼。风闻此事的康熙皇帝感觉到这是对中国文化极不尊重的一种冒犯，但康熙仍愿以最大的善意和诚意尽可能消除双方的误解。为此康熙曾主动派出使者与罗马教廷接触。1719年罗马教廷再次派出使团访华。康熙亲自接见这支使团达十三次之多。

康熙耐心地向使团解释祭孔祭祖、吊唁亲友在中国传统文化中的意义。康熙非常有诚意化解双方的矛盾，但同时也明确表达了中方最后的底线：如果教廷执意禁绝中国信徒按传统礼仪敬天祭祖、吊唁亲友，那么传教士就没必要继续留在中国了。双方会面期间康熙曾问道：“我看你们西洋画中有长翅膀的人”。对方回答说：“那是寓意天神灵速如有羽翼，而不是说真有此人”。康熙接过话头说道：“我不了解西洋字义，故不辨西洋事理；你们西洋人不了解中国字义，如何能妄议中国之道理是非？”

康熙这番话说明了一个相当浅显的道理：对自己所不了解的事物最好要怀有尊敬之心。康熙作为中国皇帝表达了愿意虚心了解基督教义的意思，但希望西洋国家也能对等相应地尊重中国文化。然而双方会谈的结果最终还是令康熙失望了。会谈结束后康熙下旨称：“以后不必西洋人在中国行教。禁止可也，免得多事”。从这时起康熙对基督教的态度由原来的虚心接纳转变为禁止。到了雍正年间开始对基督教采取更为严格的禁止措施。乾隆年间对基督教的禁令则时严时宽。